シーズン6 第1話　怪物の爪痕（シーズン6スタート）

More Monsters

[シリーズ通算 #110]
息子が警察とのカーチェイスの果てに死んだことで深い恨みを抱いた麻薬王ドナルド・マンは、関係者への復讐を誓い、息子の埋葬と同時刻に3箇所に爆弾テロを仕掛けた。さらにボスコやヨーカスが生きていることを知ったマンは、マーシー病院に刺客を送り込む。ERの待合室に集まっていたところをマシンガンで襲撃された55分署の面々は…。
ゲスト：ジーン・シモンズ（KISS）、ティム・カン「THE MENTALIST メンタリストの捜査ファイル」

シーズン6 第2話　すれ違いの代償

Alone Again, Naturally

[シリーズ通算 #111]
ヨーカスの突然の発砲でドナルド・マンは呆気なく死亡。そこでクルーズはマンの手から手錠をはずし、自分が襲われそうになったのでかばって撃ったことにしろとヨーカスに指示する。内務監査の調べもそのまま切り抜けられるかと思われたが、クルーズに不信感を抱くCTフィニー警部が登場し、気の抜けない状態に。さらに3日間の強制休暇を終えて出勤すると、防犯課の上司としてミラー警部補が着任しており、クルーズのオフィスを奪ったうえ、徹底的な服従を命じる。
ゲスト：エイダン・クイン「妹の恋人」

シーズン6 第3話　生命の証

Last Will and Testament

[シリーズ通算 #112]
55分署にアカデミーを卒業したばかりの見習い訓練生が配属される。名前はブレンダン・フィニー。内務監査部のCTフィニー警部の息子だった。スワースキー警部補がフィニーの指導をデイヴィスに命じると、サリーが強く反対する。どうやらCTフィニー警部とデイヴィスの父親の間に、何かよからぬ事件があったらしい。

シーズン6 第4話　セルフ・ポートレート

Obsession

[シリーズ通算 #113]
仕事は順調なヨーカスだが、私生活は未だに暗澹としていた。刑事昇格のセレモニーに来なかったことでエミリーを非難すると、逆に「今までさんざんすっぽかしたくせに」となじられる。相変わらずフィニーに冷たいサリー。デイヴィスはフィニー警部が自分の父親やサリーと同僚だったことを知る。何があったのかとサリーに詰め寄るが、サリーは何も語ろうとしない。

シーズン6 第5話　血塗られたメッセージ

The Hunter, Hunted

[シリーズ通算 #114]
「ミラー警部補のために」というメッセージつきの死体は全身の血が抜き取られていた。当のミラーは、血相を変えて古巣のブルックリン署に電話をする。どうやらブルックリン署でも同様の事件があり、ミラーはその捜査をめぐって上役と対立したせいで55分署に異動させられたらしい。事件はヨーカスが担当することになり、初めは刑事として新米のヨーカスをバカにしていたミラーだが、その熱意と気迫を認め協力を申し出る。

シーズン6 第6話　世界一の刑事

The Greatest Detectives in the World

[シリーズ通算 #115]
グレイスに銃を突きつけた男に発砲したフィニーは、その後元気がない。デイヴィスやスワースキーがカウンセリングを勧めるが、父親のフィニー警部が息子を絶賛するばかりで、カウンセリングなど必要ないと一刀両断。カルロスは何度も頭を打っていることがバレ、強制的に検査入院させられるが、かいがいしく付き添おうとするレヴィンに辟易とする。

シーズン6 第7話　奈落の底

Leap of Faith

[シリーズ通算 #116]
ドナルド・マン殺害容疑で逮捕されたクルーズは、保釈が認められずライカー刑務所に拘置される。ＣＴフィニー警部は、クルーズの犯行を裏付ける証言をしろとヨーカスに迫る。一方サリーとフィニーは飛び降りようとするキャシーの説得をめぐって大げんか。サリーは思わず「おまえの父親は卑怯者の人殺しだ」と怒鳴ってしまう。それについてデイヴィスにしつこく食い下がられ、ついに過去の話を告白する。

シーズン6 第8話　青天の霹靂

Broken

[シリーズ通算 #117]
市会議員のジョナサンが夜道で強盗に遭い、レイプされる。犯人はほどなく捕まるが、犯罪撲滅をスローガンに掲げていた自分がレイプされるという屈辱に耐えられないジョナサンは、面通しでの顔確認を拒否。犯人のダンはいったん釈放される。ダンを尾行し、個人的な復讐と自殺を企てるジョナサン。父親の死について調べ始めたデイヴィスは、犯人のモリスが間もなく仮釈放になることを知る。刑務所に面会に行ったデイヴィスはモリスの口から意外な事実を聞く。

シーズン6 第9話　臆病者の息吹

Sins of the Father

[シリーズ通算 #118]
グレイスとギクシャクしていたフィニー巡査は、カルロスのアドバイスに従い、思い切ってグレイスに話しかける。一方モンローが入手した資料によって、父の死の背後にフィニー警部がいたことを知ったデイヴィスは、マキナニー本部長に訴え出るが…。
ゲスト：タウニー・サイプレス「HEROES／ヒーローズ」

シーズン6 第10話　地に堕ちたヒロイン

Rat Bastard

[シリーズ通算 #119]
内務監査からのスパイであることを、恋人デイヴィスに知られてしまったモンロー。CTフィニー警部はなぜかモンローを55分署に残したままだ。また、デイヴィスが皆にこの事実を伝えたため、モンローは同僚から総スカンを食らう。
ゲスト：タウニー・サイプレス「HEROES／ヒーローズ」

シーズン6 第11話　正義の名のもとに

Forever Blue

[シリーズ通算 #120]
デイヴィスのため、すべてを明らかにする決意をしたサリーは、デイヴィスの父を射殺したモリスからの手紙の束を持って検事局に向かう。だがモリスがすでに死亡しているため手紙は伝聞証拠に過ぎず、デイヴィスがモンローから受け取った内務監査の資料も信憑性が証明できない。マーカス検事は、再捜査の条件として、確実な証拠を揃えるよう言い渡す。
ゲスト：タウニー・サイプレス「HEROES／ヒーローズ」

シーズン6 第12話　愛する者よ

The "L" Word

[シリーズ通算 #121]
同僚のレヴィンと交際中のカルロスは、「愛してる」という言葉を期待されていることが悩みの種。そんなある日、非番のレヴィンが訪れたカフェで爆発事件が起きる。レヴィンが巻き込まれたかもしれないと心配したカルロスは必死に駆けつける。

シーズン6 第13話　新たなる門出

The Other "L" Word

[シリーズ通算 #122]
カルロスとグレイスが警察に到着すると、放射能計測器が反応。テロリストが服の下にセシウムを隠し持っていたことがわかる。ほどなくレイモンド・グエイが死亡し、手がかりが途絶えたかに見えたが、爆発事件の現場にグエイの車が残っていたことがわかり、その中から住所を記した紙が見つかる。

シーズン6 第14話　至上の愛

The Kitchen Sink

[シリーズ通算 #123]
かつて病院で付き添ったことのある少年ベンが、フィニーに突然電話で「母親が刺された」という。フィニーとデイヴィスがベンの家にかけつけると、ナイフで刺された母親のイヴリンがキッチンの床に横たわっていた。瀕死のイヴリンはフィニーに「夫」とひとこと。間もなく現れた夫のテイラーは、イヴリンの前夫ハリスの仕業に違いないという。

シーズン6 第15話　死刑宣告

Revelations

[シリーズ通算 #124]
ギャング団「108ボーイズ」のリーダー、マドックスは麻薬や殺人に手を染める凶悪犯だが、密告者やその家族を殺し、葬儀社に潜り込ませている部下を使って遺体を始末していた。その手下ナップを捕らえたクルーズだが、彼はマドックスの報復を恐れて口を割ろうとしない。ゲスト：ヘレン・ミレン

シーズン6 第16話　闇を継ぐ者

In the Family Way

[シリーズ通算 #125]
2人組の強盗が宝石店を襲い、店主を撃ち殺す。一人は逃走するが、もう一人のラッシュは逃走車を追突させて逮捕。だがインフルエンザのような症状を示したため、病院に収容される。その頃、マーシー病院には中国人医師が同様の症状で収容されていた。ER医師のヒックマンはSARSではないかと疑い、国立衛生研究所のコナーとナタリーを呼ぶ。（ＴＶ「Ｍ．Ｉ．　緊急医療捜査班」#18「ブラックリスト」とのクロスオーバー・エピソード）
ゲスト：ケリー・ウィリアムズ「LIE TO ME」、ワイクリフ・ジョン（ザ・フージーズ）

シーズン6 第17話　帝王の逆襲

Kingpin Rising

[シリーズ通算 #126]
ギャング・リーダー4人の暗殺に成功したマーセル・ホリスは、ナンバーツーを集めて評議会の結成を申し出、ドラッグ売買による儲けを平等に分配しようと提案。さらに55分署に現れるとクルーズに「戦争を起こさずに済んでいる」と報告。クルーズとグリマルディはさっそく爆破事件について追及するが、マーセルは完璧なアリバイを用意していた。
ゲスト：ワイクリフ・ジョン（ザ・フージーズ）

シーズン6 第18話　連鎖する悲劇

Too Little, Too Late

[シリーズ通算 #127]
制服組からの卒業を望むデイヴィスは、強盗逮捕をきっかけに防犯課への異動を狙う。点数稼ぎのために張り込み参加を申し出るが、クルーズから与えられたのは犯人の残していった車の見張りという退屈な仕事だった。モンローと一日組むことになったボスコは、社会福祉局での人質事件に遭遇。いったんは説得されかけた犯人が銃に手を伸ばし、モンローと揉み合いになった時、モンローを誤射してしまう。

シーズン6 第19話　それぞれの転機

Welcome Home

[シリーズ通算 #128]
白血病との孤独な闘いを続けるクルーズはある日、ハイミー・カストロという不思議な男と知り合う。病気のことを見抜き、「助けを求めることを恐れるな」と諭すハイミーに、次第に心を開いていくクルーズ。レヴィンと一緒に休暇を取り、行き先を知らされないまま旅に出たカルロス。着いた先はド田舎。しかもレヴィンの実家だった。エキセントリックな両親とレヴィンとのギクシャクした雰囲気の中、気まずい時間が流れる。

シーズン6 第20話　信じるということ

How Do You Spell Belief?

[シリーズ通算 #129]
マーセル・ホリス逮捕後、ギャングたちの抗争が激化。罪もない子供や老人まで巻き込まれる。クルーズとサンチャゴがある発砲事件の容疑者グループのもとへ行くと、その場から少年が逃走。追い詰めたものの銃を向けられ…。監督：スキップ・サダス（サリー役）

シーズン6 第21話　最後の抗争

End of Tour

[シリーズ通算 #130]
ギャング団の抗争を鎮めようと検挙に励むクルーズとサンチャゴだが、犠牲者は増える一方。ついに自分たちまで狙われ、サンチャゴが重傷を負う。復讐を誓うクルーズにサンチャゴはマーセル・ホリスとの取引を提案する。
ゲスト：ワイクリフ・ジョン（ザ・フージーズ）

シーズン6 第22話　リアル･ヒーローたちよ、永遠に…（最終回）

Goodbye to Camelot

[シリーズ通算 #131]
突如、焼夷手榴弾が投げ込まれ、55分署に火災が発生。さらに何者かにマシンガンを乱射され、分署はさながら戦場と化す。クルーズは倒れてきた壁の下敷きに。そのときクルーズと司法取引の相談中だったマーセル・ホリスは、助けだけ呼ぶと混乱に乗じて逃走した。マーセルに呼ばれて駆けつけたモンローはクルーズと2人出口を失ってしまう。
ゲスト：ワイクリフ・ジョン（ザ・フージーズ）