第11（2-1）話「迷いのジャングル」

　Flight（第2シーズンスタート）

遭難したバンクスを探しにペルーのジャングルに訪れたエリソンとサンドバーグだったが、エリソンの能力が突然失われてしまう。そんな時エリソンの前にセンチネルの幻が現れ“センチネルとして生きていく覚悟があるか？”と問いかけてくる。

第12（2-2）話「消せない記憶」

　Out　of　the　Past

殺人犯のウェストンが脱走した。彼が歌手アンジーの異常なファンだったことから、エリソン達は彼がアンジーに近づくかもしれないと考え彼女を警備するが、実はアンジーとその娘パムはかつてウェストンと家族同然に暮らしていたと知り…。

第13（2-3）話「深く眠る真実」

　Deep　Water

4年前に失踪したエリソンの元相棒、ジャックの車が川から引き上げられ、トランクの中から誘拐事件の人質の死体が発見された。ジャックは百万ドルの身代金を犯人に渡しに行った後行方不明になっており、彼が身代金を持ち逃げしたと考えられていたが…。

第14（2-4）話「同窓会」

　Reunion

バンクスは同窓会に出席するために戻った故郷の町で初恋の相手ペギーと再会する。ところがバンクスは何者かの罠にはめられ、ペギー殺しの犯人に仕立て上げられてしまう。

第15（2-5）話「報復合戦」

　Payback

日本人ヤクザ3人が射殺された。監視カメラに映っていたのは暴走族ボイドのメンバー。その後今度はそのボイドのメンバー4人が殺され、ヤクザとボイドの抗争が始まるかに見えた。カスケードが抗争に巻き込まれることを憂慮したバンクスは、ヤクザ、ボイド両者を招集して停戦協定を結ばせるが…。

第16（2-6）話「報道最前線」

　Deep　Water

銀行強盗犯の一味を追うエリソンは、「トゥルークライム」というテレビ番組の密着取材を受けることになる。カメラマンのコナーもスクープを狙って待機していたが、近づかないよう制止され腹を立てたコナーは、以前犯人の一人が落とした携帯で犯人に警告の電話をかける。

第1７（2-7）話「狙われた娘」

　Ice　Man

ストリップクラブの経営者がホテルの部屋で射殺された。部屋にいたのは売春のアルバイトをしていた学生のアンバーと初めての客ゼラー。実はゼラーは国際的暗殺者であり、裏切り者ハンクを追ってアメリカまで来たのだった。そしてハンクの顧客だったアンバーをエサに彼をおびきだそうとしていた。

　

第22（2-12）話「黄金に光る悪夢」

　Blind Man’s Bluff

服用すると黄金のものが見えるという新種の麻薬「ゴールデン」を追っておとり捜査を開始するエリソンだったが、「ゴールデン」の粉が目に入ってしまったせいで、黄金の光以外は見えなくなってしまう。

第23（2-13）話「空中決戦」

　Hear No Evil

署の健康診断で耳垢掃除をされたエリソンは、異常なほど聴覚が鋭くなってあらゆる物音に悩まされるようになる。そんなある晩、彼はヘリの音と共に男の悲鳴を聞きつけ外に飛び出すと、警察のヘリから男が海に投げ捨てられるのを目撃する。

第24（2-14）話「ハートに火をつけて」

　Light My Fire

偶然放火現場に居合わせたエリソンとサンドバーグは、連続放火事件の犯人を追うことになる。一連の放火事件の特徴は炎の温度が異常に高いこと。鑑識の調べで炎を高温にするためロケット燃料が使われていることがわかる。

第25（2-15）話「真夜中の失踪」

　The Secret

ペルーの秘密工作部隊で一緒だったホランドから、エリソンに助けを求める電話が入る。待ち合わせの場所へ行くとホランドは何者かに射殺されエリソンは拉致されてしまう。バンクスとサンドバーグが協力して調べを進めるが…。

第26（2-16）話「エレベーター　ショック」

　Dead Drop

ウィルキンソンタワーのエレベーターが何者かに乗っ取られた。人質はサンドバーグを含めた4人。エリソンとバンクスはタワーに急行、犯人はタワーのオーナーに500万ドルの身代金を要求するが、オーナーは脅迫に屈する気はないと支払いを拒否した。

第27（2-17）話「ロシアより愛をこめて」

　Red Dust

ロシア人街のカフェで銃撃戦があった。エリソンとサンドバーグは目撃者であるロシア人たちに事情を聞こうとするが、みな頑なに口を開こうとしない。エリソンがカフェでひろったブレスレットを鑑識に出すと微量の放射能が検出された。

第28（2-18）話「天才の天敵」

　Smart Alec

サンドバーグの大学で用務員が毒グモにかまれて死亡した。エリソンは大学警察のチーフ、タマキと共に捜査を開始し被害者が最後に訪れた研究施設を訪ねるが、責任者は毒グモは扱っていないという。

第29（2-19）話「センチネル VS 霊能者」

　Private Eyes

10歳の少女グウェンが借金をして追われている夫婦に誘拐された。グウェンの母親トリッシュは、霊能者のチャーリーに捜査への協力を依頼する。しぶしぶチャーリーを同行させたものの、霊感など信じていないエリソンだったが…。

第30（2-20）話「人生の消失点」

　Disappearing Act

エリソンは町で、3年前にマフィアに殺されたはずの元会計士アボットの姿を見かける。かつてエリソンはアボットの訴追免除を約束したシングルトン検事にその身柄を引き渡したが、彼はその約束を守らずアボットを収監、証言を迫った。妻子を爆殺されたアボットはマフィアのドン、ジョンを有罪にする証言をし、殺害されたはずだったのだが…。

第31（2-21）話「天からの恵み」

　Pennies from Heaven

現金輸送車がパンクして事故を起こし、その弾みで積んでいた二百万ドルが町中に撒き散らされる出来事があった。わずかに回収された金を調べていたエリソンは紙幣を偽札と見抜く。何者かが二百万ドルを偽札にすりかえた事実を隠蔽するために意図的に起こした事件らしい。

第32（2-22）話「サバイバルゲーム」

　Survival

護送中の犯罪者クウィンが、仲間の手を借りてヘリで逃亡し、バンクスが人質にとられた。クウィンに後輩のブロディを殺された怨みのあるエリソンは、山中で発見されたヘリに残ったバンクスのタバコの香りを頼りに、サンドバーグとともに追跡を開始する。

第33（2-23）話「引き裂かれた兄弟」

　His Brother's Keeper

競馬場のオーナー、ベンが墜落死した。その直前に争うような物音を聞いたエリソンは、殺人事件として捜査を開始するが、防犯カメラの映像には、エリソンが15年ぶりに再開した弟のスティーブンが写っていた。

第34（2-24）話「鏡の中の眠り姫」

　Sleeping Beauty（第2シーズン最終回）

エリソンはステイシーという女性と知り合う。12歳のとき事故に遭って昏睡状態に陥り、8年の歳月を経て目覚めたという彼女は、一時的に記憶を失っていた。怪しげな二人組に誘拐されそうになったステイシーを助けたエリソンは、彼女を昔の家に連れて行き記憶を取り戻させようとするが…。