2258年
いよいよ始まってしまった．．．コッシュ
おまえの心にスキがあったからだ．．．ミンバリ人
目的は？．．．シンクレア
ここにいる誰も…見かけ通りではない．．．ジ・カー
すべてが変わっていく．．．シンクレア

2259年
シンクレア司令官は転属になった．．．ヘイグ将軍
ナーン本星を一気に消し去るのはどうかね．．．ロンド
宇宙から大きな手が伸びてくる光景が見える．．．エルリック
おまえは誰だ？．．．セバスチャン

2260年
クラーク大統領は、本日戒厳令を布告しました．．．ISNキャスター
我々は独立を宣言せざるを得なかった．．．シェリダン
彼らの武器だ．．．ベスター
ヴォーロン人達が環境スーツを脱いで何かやってくれるなら別だがな．．．シェリダン
あなたは過去の…その人．．．ザトラス
もしザ・ハ・ドゥムに行けば…君は死ぬ．．．コッシュ

2261年
なぜここにいる？生き続けたい理由はあるか？．．．ロリエン
美しい首都が炎につつまれている。．．．デレン
砂場の巨人たち…
さあ、我々の銀河系から出ていけ！
我々の目的はクラーク大統領の逮捕だ．．．シェリダン

2262年
その基地の名は　バビロン5

第89話 狙われた大統領就任式（第5シーズンスタート）

NO COMPROMISES

シェリダンの惑星間同盟大統領就任式を間近に控えたバビロン5に、彼の希望で新司令官に任命されたロックリー大佐が地球からやってくる。そのロックリーに不思議な男バイロンが接触してきた。未登録のテレパスグループのリーダーである彼は自分たちけの祖国を作るという願いを持っていた。

第90話 瀕死のロンド

THE VERY LONG NIGHT OF LONDO MOLLARI

ロンドが心臓発作のため倒れる。セントーリからの人工心臓が届くのは二日後。しかしフランクリンが生命維持装置で生かすことができるのは24時間だけだ。意識不明のロンドは様々な幻覚を見る。

第91話 牙をむいたドラジ

THE PARAGON OF ANIMALS

シェリダンはドラジ大使をはじめとする同盟加盟国の大使たちに、倫理的な内容を盛り込んだ「原則の宣言」に調印させようとするが、彼らに拒まれ頭を悩ませる。一方ガリバルディはブラウン区に住み始めたテレパス達を秘密調査任務に活用しようとするが。

第92話 保守班マックとボーのつぶやき

A VIEW FROM THE GALLERY

謎の異星人勢力が偵察機を送って侵略可能な国家を探している。ロックリーは襲撃に備えて戦闘部隊を配置、仕事をしていた保守班のコンビ、マックとボーはまたかと思う。

第93話　レンジャー、学びの過程

LEARNING CURVE

レンジャー、アンラ・ショクの訓練成果を知りたいというデレンの要請を受け、ミンバリからダーハンとトゥバルの2人のマスターと、新入りの訓練生タニアーとラステンがバビロン5を訪れる。一方、バビロン5のダウンビロウではナ・グラスが去り、横暴なトレースの一味が台頭し始めていた。その悪事を見抜いたザックを始末しようとトレースは罠をしかける。制止をふりきって救助にむかった新入り訓練生タニアー。そしてラステンは重傷を負ってしまう。

第94話　テレパス狩り

STRANGE RELATIONS

ベスターが部隊を引き連れてテレパスを捕らえにやってくる。シェリダンはガリバルディの一件についてロックリーを問いただし、ベスターにテレパスは渡さないというが、ロックリーは、感情論で加盟国の政府の主権を認めるという同盟の方針を覆すようなことはできないっと理性的に批判。しかし、執拗な捜索に脱走テレパスたちは次々と捕らえられてしまう。

第95話　テレパスの生い立ち

SECRETS OF THE SOUL

バビロン5にまた新たなテレパス達がやってくる。バイロンたちはダウンビロウで悪党カール一味に絡まれ、テレパスの1人がカールの暴力によって倒れてしまう。テレパスたちはカールに制裁を下す。暴力を否定する自分の教えにテレパス達が背いたことにショックを受けるバイロン。一方で、バイロンは親しくなったリタを介してテレパスの生い立ちを知る。

第96話　死者の日

DAY OF THE DEAD

200年に一度のブラキリの死者の日。儀式のために日没から日の出までバビロン5の一部を売ってくれるようブラキリ大使から頼まれたロックリーはジ・カーの警告も聞かずに承諾してしまう。そしてブラキリのために区切られた地域でその夜をすごすロックリー、ガリバルディ、ロンド、レニアはそれぞれ不思議な体験をする。

第97話　セントーリ宮殿の闇

IN THE KINGDOM OF THE BLIND

ロンドはジ・カーを連れてセントーリ本星へ帰国する。ロンドの身に危険が迫る。一方、ヴォーロンが遺伝子操作によって各種族にテレパスを生み出した経緯を知ったバイロンは、テレパスたちに事実を告げ、同盟諸国に祖国を要求することを決意する。

第98話　テレパス達の悲劇

A TRAGEDY OF TELEPATHS

祖国を求めるテレパス達が篭城、中にいるバイロンからのメッセージを受け取ったロックリーは単身潜入する。一方、セントーリでは戦死したと思われていたナーン人のナ・ターフを発見、ロンドとジ・カーは彼女を逃がそうと計画を立てる。

第99話　不死鳥のごとく

PHOENIC RISING

バビロン5で篭城しているトーマス率いる強硬派テレパスたちを捕まえようとサイ・コップのブラッドハウンド部隊が到着する。事態を収拾しようとバイロンとシェリダンはそれぞれ尽力するのだが・・・。

第100話　襲撃の黒幕

THE RAGGED EDGE

惑星間同盟加盟国の各大使が、同盟が輸送船の安全を保証するまで総会をボイコットすると発表し、シェリダンとデレンは何とか突破口を見つけようと焦りを感じる。ドラジ船への襲撃は一向にやまず、ガリバルディがドラジ本国の現地調査のため潜入する。しかし、酒におぼれるガリバルディは･･･。

第101話　特殊能力「マインド・シュレッダー」

THE CORPS IS MOTHER,THE CORPS IS FATHER

P－12のテレパスさえも破滅させられる恐ろしい能力を持つ「マインド・シュレッダー」。特殊訓練を受けマインド・シュレッダーになったハリスという訓練生がルームメイトを殺して脱走し、バビロン5へ向かったという。その捜査を任せられたベスターはサイ･コップ研修生とともにバビロン5へ赴く。

第102話　レニアーの秘密任務

MEDITATIONS ON THE ABYSS

密かに想いを寄せるデレンから調査依頼を受けたレニアー。彼は、惑星間同盟の輸送船への襲撃事件にセントーリが関わっているという証拠をつかむため、本当の任務を伏せ、セントーリ宙域境での戦闘訓練を名目にホワイト・スター27に乗り込む。

第103話　セントーリの秘密基地

DARKNESS ASCENDING

ホワイト・スター27に乗って同盟船襲撃事件の証拠を探すレニアー。彼は各襲撃の20時間前にセントーリの暗号通信を傍受、これが攻撃命令ではないかとデレンに報告する。そしてついにレニアーは単独でセントーリ基地の追跡をするために戦闘機で発進する。

第104話 暴かれた襲撃

AND ALL MY DREAMS,TORN ASUNDER

シェリダンとデレンは、ついに惑星間同盟の総会で、一連の襲撃の黒幕がセントーリ共和国であり、よってセントーリを同盟加盟国と隔離して封鎖の処置をとることを発表する。それに対してロンドは自国の無実を総会で宣言、セントーリ本国へ帰国する。しかし、戦争がはじまってしまう。

第105話 シャドウの置き土産

MOVEMENTS OF FIRE AND SHADOW

戦争が泥沼化し、バビロン5でセントーリ人が殺される事件が続発する。セントーリがジャンプ・ゲートを標的にし始め、シェリダンはホワイト・スター艦隊にセントーリとの交戦許可を出す。

第106話 セントーリ本国の陥落

THE FALL OF CENTAURI PRIME

セントーリ本星への砲撃が始まる。さらにデレンが行方不明という報告を受けたシェリダンはホワイト・スター艦隊と共にセントーリ本星へと向かう。一方、ロンドは摂政に降伏命令を出すよう迫るのだが、摂政は…。

第107話 凱旋した英雄

THE WHEEL OF FIRE

セントーリ本星から戻ったジ・カーを大勢のナーン人が出迎える。留守中に彼の崇拝者たちは一団と増えたのだった。そんなジ・カーを帰国させるまで、同盟船をボイコットするというナーン政府の態度に怒ったデレンが突然倒れてしまう。

第108話 旅立ちの始まり

OBJECTS IN MOTION

バビロン5にナンバーワンが現れる。火星の大半の大企業に情報提供者を抱えるようになった彼女は、ガリバルディとリサが2，3日中に狙撃されるという情報を入手し、それを伝えに来たのだ。シェリダンはリサとガリバルティに隠し部屋へ移るよう指示する一方で、殺し屋をおびき寄せて逮捕するために、ジ・カーの送別会を催し2人も出席させる計画を案じる。

第109話 さらばバビロン5

OBJECTS AT REST

ミンバリのツザナーに建設中の惑星間同盟の本部の完成が近づく。バビロン5を去る日を目前にシェリダンは司令室で名残を惜しみ、ロックリーに例を言って後のことを頼む。ミンバリに到着し、皇帝に就任したロンドに出迎えられる。ロンドは前にあった時とは違って上機嫌で子供が成人したら与えるようにと贈り物の壷を渡す。その中には一つ目の生き物“飼い主”がねむっていた…。

第110話 シェリダン　永遠の眠りに

SLEEPING IN LIGHT

シャドウ戦争が終わり、ザ・ハ・ドゥムへ行ったシェリダンが生き返ってから20年が経っていた。シェリダンは2年前に惑星間大統領の再選を辞退し、選任されたデレンの代わりにレンジャーのリーダーとなっていた。3日連続でロリエンに命を吹き込んでもらった時の夢を見て死期が近いことを悟り、デレンに頼んで旧友たちをミンバリに呼び寄せる。