#43「ケイゾン総攻撃（後編）」

BASICS Part2

置き去りにされ現住生物との戦いを続けるヴォイジャー乗組員たち。スーダはドクターと協力して船のコントロール奪取を試みようとするのだが・・・・

　

#44「伝説のミスター・カトー」

FLASHBACK

ガス状星雲に接近中記憶にないヴィジョンに悩むトゥヴォックとマインド・メルドしたジェインウェイはカーク船長救出作戦中のエクセルシオ船中に。

　

#45「地獄星からの脱出」

THE CHUTE

惑星アクリティリでパリスとキムはテロリストと間違えられて捕らえられてしまう。ジェインウェイは彼らの無実を証明しなければならない。

　

#46「ドクターのオーバーロード」

THE SWARM

未知なる異星人の突然の攻撃をかわしたヴォイジャーだったが、ドクターの記憶回路が破壊されてしまい、記憶を失ってしまう。

　

#47「救世主フェレンギ」

FALSE PROFITS

チャコティとパリスは転送降下した惑星で住民から搾取を繰り返すフェレンギ人と出会う。二人は住民を解放しようとする。

　

#48「偽善者の楽園」

REMEMBER

テレパシー能力を持つエナラ人を乗せたヴォイジャーでトレスは若い女性になった夢を見る。エナラ人は記憶の抹消を繰り返してきた種族だった。

　

#49「聖霊の怒り」

SACRED GROUND

ネカーニ星の寺院に入ったケスは神聖な場所に侵入したとして未知のエネルギーによって死んでしまう。ジェインウェイらはエネルギーの謎を探る。

　

#50「29世紀からの警告（前編）」

FUTURE'S END Part1

29世紀の連邦の船が現れ攻撃を仕掛けてきた。29世紀の連邦の崩壊の原因がヴォイジャーにあるという。やむなく応戦したジェインウェイ達だったが‥‥。

　

#51「29世紀からの警告（後編）」

FUTURE'S END Part2

ドクターは拉致され、パリスとトゥヴォクも行方不明となる。拉致したのは何者なのか、その目的は。ジェインウェイ達は犯人を追う。

　

#52「暴君の星」

WAR LORD

難破船から3人のイーライ人を助け出すがそのひとりが死んでしまい、その精神がケスに侵入、自分の星の政権を奪取しようと動き出す。

　

#53「レディQ」

THE Q ANDTHE GREY

Qが現れジェインウェイを誘惑、超新星爆発の衝撃にヴォイジャーがゆれる間に彼はジェインウェイを連続体に連れ去ってしまう。

　

#54「巨大ウィルス」

MACROCOSM

巨大ウィルスに捕らえられたヴォイジャーは機能が麻痺する。ウィルスの謎を追ってドクターが採掘コロニーに向かった。

　

#55「密売人」

FAIRE TRADE

タラクシア人に知らないうちに麻薬を運ばされたニーリックスに密売容疑がかけられた。パリスとチャコティはニーリックスの無罪を晴らそうとする。

　

#56「ホログラムの反乱」

ALTER EGO

ホロデッキのキャラクター、マリーナにキムが恋をしてしまい、それがトゥヴォクとの三角関係になりかけるが、マリーナの心は‥‥。

　

#57「霊界からの誘い」

CODA

ジェインウェイとチャコティの乗ったシャトルが惑星に墜落。さらにヴィディア人に襲われて重傷を負ったジェインウェイ。彼女は生死の境で父に出会う。

　

#58「消えた村の謎」

BLOOD FEVER

惑星を調査中にバルカン人のポーラックが発情しクリンゴン人のトレスに求婚してしまう。一方、チャコティは破壊された惑星を調査する。

　

#59「ボーグ・キューブ」

UNITY

救難信号で調査に出かけたチャコティはボーグに襲われた惑星を発見。一方、ヴォイジャーもコントロールを失ったボーグ・キューブを発見、その船内にはおびただしいボーグの遺体が‥‥。

　

#60「ドクターの内なる闇」

THE DARKLING

ドクターは自分の能力向上のために歴史上の人物の要素を自分に加えていくが、だんだんと暴走していき危険な性格へと変わってしまう。

　

#61「謎の小惑星」

RISE

流星雨に襲われた惑星ネズの住民を救出しようとトゥヴォクとニーリックスは派遣されたが惑星の反逆者たちと合流してしまい、ついには二人の仲まで険悪になってしまう。

　

#62「女達の星」

FAVORITE SON

女性ばかりの星タレージアにヴォイジャーを導いたキム。ジェインウェイは彼女たちからキムの出生の秘密を聞かされる。

　

#63「9才のケス」

BEFORE AND AFTER

ケスは寿命を延ばす処置をしているうちに通常空間から離れ、自分の過去と未来、クルーの未来を見てしまう。

　

#64「ドクターの家庭」

REAL LIFE

能力を高めるためにホログラムで自分の家族を作ったドクター。そこにトレスが手を加え完璧だった家族に予期せぬ変化が起こる。

　

#65「遠隔起源説」

DISTANT ORIGIN

人間を調査したヴォス人のゲーゲンは自分たちの故郷が地球であると主張し異端者扱いされる。自分の理論を証明するために彼はチェコティを捕らえる

　

#66「消えていくクルー達」

DISPLACED

突然、ヴォイジャーに転送されてきたナイリア3号星の住民たち。いれかわりにクルーは次々と連れ去られていく。いったい何者の仕業なのか。

　

#67「反乱」

WORST CASE SCENARIO

マキ派が反乱を起こすというホロノベルが見つかった。そのプログラムを密かに実行するとチャコティが首謀者となって反乱が起こってしまう。

　

#68「生命体8472（前編）」

SCORPION Part1

ボーグスペースに入ったヴォイジャーは全く未知の破壊的な生命体を発見する。この生命体に襲われたキムは徐々に体が変化していく。第3シーズン最終話