カーク船長やミスター・スポックたちエンタープライズ号のクルーによる、伝説の調査航海から約１世紀後の２４世紀。地球を中心とする１５０の文明圏で構成される惑星間同盟“惑星連邦”と“カーデシア連邦”の敵対が続いていた。カーデシア連邦は惑星カーデシア・プライムを母星とし、武力を使って資源を他の星系に求める軍事国家である。惑星連邦内のゲリラ組織「マキ」はカーデシア連邦との国境付近に潜み、カーデシア軍の謀略を阻もうと活動していた。そして次第に勢力を持つようになった彼らを、惑星連邦はテロリストと見なすようになっていった。
西暦２３７１年（宇宙歴48315.6）、惑星連邦のキャスリン・ジェインウェイ艦長率いる最新鋭の宇宙船ヴォイジャー号は、未開の星域で行方を絶ったマキの宇宙船を探す任務にあたっていたが、未知なる生命体の驚異の力で銀河系のはるか彼方“デルタ宇宙域”に飛ばされてしまう。地球から７万光年離れたそこからは、最大ワープスピードで進んでも７０年を要するのだ……。しかしジェインウェイ艦長の見事な統率により、対立するヴォイジャーとマキ両船のクルー達は生きて惑星領域に戻るべく団結、未踏のデルタ宇宙域を調査しながら地球への早期帰還を目指す。
