シーズン１
チャックはロサンゼルスの家電量販店、「バイ・モア」で働く青年。スタンフォード大の学生だった輝かしい過去を持つが、ルームメイトのブライスの策略で退学にされ、以来、幼なじみのモーガンとゲームに明け暮れる日々だった。
そんなある夜、誕生日を迎えたチャックの元にブライスからメールが届く。不審に思いつつ、チャックがメールを開くと膨大な量の画像データが飛び込んできた。データは朝まで流れ続け、チャックはついに気を失ってしまう。何と、政府の全国家機密が収められたコンピューター「インターセクト」のデータ全てがチャックの脳にダウンロードされてしまったのだ！
国家機密を記憶する唯一の人間となったチャック。その彼を護衛することとなったＣＩＡ（中央情報局）の美人エージェント、サラとＮＳＡ（国家安全保障局）の敏腕エージェント、ケイシー。何が記憶の引き金になるかもわからない脳内インターセクトをもてあましながらも、三人は国家の危機を救うため、共に協力し合って様々な敵と戦うこととなる。チャックの新しい運命が動き始めた！
チャックは、一目見た時から好意を持っていたサラに気に入られたくもあり、とまどいながらもスパイ活動に参加。ズブの素人ながら見た目とは裏腹になんだかんだで危機をくぐり抜け、任務を成功に導く。そしてサラは、そんなチャックと共に行動するうち彼の優しさ、純粋さに触れ、任務の域を越えて彼に惹かれていくように。
そんなとき、なんとケイシーに射殺されたはずのブライスが生きていることが判明！彼はCIAの内部組織「フルクラム」に引き抜かれ活動していたが、フルクラムが実はインターセクトの破壊を目論む裏切り者の組織であることに気づき、スパイである可能性の絶対にないチャックにインターセクトをダウンロードしたのだった。疑いの晴れたブライスは極秘任務のために旅立つが、彼が生きていたことでサラの心はブライスとチャックとの間で大きく揺れる……。
さらにチャックの未来に暗雲の立ち込める事態が。新しいインターセクトの開発が完成に近づいたのだ。新インターセクトが起動すればチャックは任務から解放されるのだが、ケイシーに下った指令は、「機密保持のためのチャックの抹殺」であった。果たしてチャックの運命は！？強大な敵フルクラムの次なる陰謀は！？
シーズン２
チャック・バトウスキーはロサンゼルスの家電量販店、「バイ・モア」で働く青年。スタンフォード大の学生だった輝かしい過去を持つが、ルームメイトのブライスの策略で退学にされ、以来、幼なじみのモーガンとゲームに明け暮れる日々だった。そんなある夜、誕生日を迎えたチャックの元にブライスからメールが届く。不審に思いつつ、チャックがメールを開くと膨大な量の画像データが飛び込んできた。何と、政府の全国家機密が収められたコンピューター「インターセクト」のデータ全てがチャックの脳にダウンロードされてしまったのだ！
国家機密を記憶する唯一の人間となったチャック。その彼を護衛することとなったＣＩＡ（中央情報局）の美人エージェント、サラとＮＳＡ（国家安全保障局）の敏腕エージェント、ケイシー。何が記憶の引き金になるかもわからない脳内インターセクトをもてあましながらも、三人は国家の危機を救うため、共に協力し合って様々な敵と戦うこととなる。「バトウスキー計画」の始まりだ！
チャックのスパイ活動が曲りなりにも板についてきたころ、政府は新しいインターセクトを開発、今度はブライスにダウンロードされることとなる。しかし、一方でフルクラムも独自にインターセクトを復元しようとし、その目的のために「オリオン」と呼ばれる初代インターセクトの開発者を捜していた。そしてオリオンの正体は何と、チャックとエリーの父で長い間音信不通のスティーブだった。姉弟をスパイ活動に巻き込まないよう姿を隠していたのだ。
スティーブの力で新しいインターセクトは完成、さらにチャックの脳内のインターセクトも削除に成功し、晴れて自由の身となったはずのチャックだったが、新インターセクトとなるはずのブライスが直前に敵スパイに殺されてしまう。そして、彼の最後の言葉で、今まで戦ってきたフルクラムが、実は「リング」というより大きな組織の一部にすぎない事を知ったチャックは、本当のスパイになるために、高性能すぎて危険な新型インターセクトを自らの意志で自分にダウンロードした！
新型インターセクトの成果でカンフーまで使えるようになったチャック。技術だけでなく精神面でもどんどん本物のスパイに近づいていくチャックを見て、サラの心中は穏やかではなかった……。果たして、チャックとサラの関係は如何に？！
痛快スパイアクション、シーズン３をスーパー！ドラマＴＶで日本初放送！！
