世界的に著名な人気冒険家で、テレビ番組のホストも務めるエメット・コール博士がアマゾン奥地へ“謎の魔力”の存在を探る旅に出かけたまま突如消息を絶った。
失踪から６カ月後、博士の妻テスや息子のリンカーンら残された家族は、複雑な思いを抱えながらも博士の功績を称える追悼式の準備を進めていた。そんな中、博士の現在地を示すビーコンが突如鳴り響く。直ちに夫の捜索に出ようとするテスに連れられ、リンカーンは渋々一緒に現地に出向くことに。テスは捜索にかかる資金を調達するため、博士が出演していた番組のプロデューサーだったクラークも一緒に同行させ、捜索の模様をカメラ・クルーが撮影する密着取材を受け入れる。そして、撮影カメラマンの娘でコール一家とは旧知の仲であるレナ、忠誠心あふれる修理工のエミリオ、ボディーガードのカートら、新旧の知人たちを巻き込んでの捜索が始まった。
その先で彼らは謎と恐怖につつまれた出来事に次々と遭遇する。未開の地で牙を剥くアマゾンの大自然と、想像を遙かに超えた世界が広がる中、博士の失踪に隠された驚くべき真実が徐々に明らかになっていく。
博士の生存は如何に、そして彼らは博士を見つけることはできるのか…。