シーズン１
ノースカロライナ州の小さな町、トゥリー・ヒル。若者も大人もトゥリー・ヒル 高校のバスケットボール・チーム「トゥリー・ヒル・レイヴンズ（Raven＝ワタ リガラス）」を応援する平和な町。
ネイサン（ジェームズ・ラファティ）は、自動車販売業で成功した父親ダン（ポール・ヨハンソン）の熱心な指導もあって、チームのスタープレイヤーとして活躍する自信家。一方、華やかな世界に背を向け、マイペースで生きるルーカスは、シングルマザーのカレンに育てられ寡黙でストイックな高校生で、仲間たちとストリートでバスケを楽しむ毎日。生まれも育ちも異なるが、ともにバスケットボールを愛する2人。彼らは実は兄弟だったのだ。
ある日、試合帰りにスクールバスを盗んだとして、レイヴンズのレギュラーの半数が出場停止処分を受けてしまう。コーチのホワイティ・ダーラムはシーズンを棒に振る覚悟だったが、ダンの兄キースにルーカスのプレーを見てくれと頼まれる。キースは、ルーカス親子に冷たいダンとは違い、2人を気にかけていた。公園でプレーするルーカスを見て、コーチは「チームに入らないか」と誘うが、ルーカスは即答で断る。一方ダンは、チームにルーカスが入ると自慢の息子であるネイサンの経歴に傷がつくと考え、「チームに入るな」と言うようにネイサンをそそのかす。ネイサンは、自分の実力を見せつけるため、ルーカスに1対1の勝負を申し込む。マイペースなルーカスだったが、仲間から「おまえは現実から逃げて俺たちとバスケをしてるだけだ」と言われ、母カレンからは「私のために人生をあきらめないで」と言われ、悩むルーカス。やがて、父親であるダンが自分が生まれることを望んでいなかったと知り、ルーカスは、ネイサンの挑戦を受けることにする。対決当日、大勢が見守る中で熱戦を繰り広げるルーカスとネイサン。わずか1点差でルーカスが勝利をおさめ、ルーカスは勝者として「自分はチームに加わるが、ネイサンもチームに残ること」という条件を出す。それがネイサンにとって最大の屈辱だと考えたのだ。ショックを受けたネイサンはルーカスに対し敵対心を燃やすようになり、チームメイトたちにも彼を冷たく扱わせる。さらに父ダンから「敵の弱点を攻撃しろ」と言われたネイサンは、ルーカスを孤立させるため、彼の幼馴染ヘイリーに接近する…。
一方、ルーカスはネイサンの恋人ペイトンに自分に近いものを感じ、ペイトンもまた、傲慢なネイサンと違うルーカスの繊細さに惹かれていく…。だがルーカスの気の迷いがペイトンと彼女の親友ブルックとの間の三角関係を生み、結果、2人とも傷つけ、ペイトンとブルック両方の愛情を失ってしまう。その反対に、ルーカスを陥れるためだけにヘイリーに近づいたネイサンは、ヘイリーの優しさ、誠実さに触れ本気で彼女のことを好きになってしまい、ヘイリーも傲岸不遜に見えるネイサンが本気で心を開いてくれたことに胸をうたれ、一途に彼を愛していくようになる。
ネイサンに対する父ダンの過剰なまでのプレッシャーなど彼なりのつらさを知り、今までの誤解を解いてネイサンと和解できたルーカスだったが、ペイトンとブルックのことで愚かな行いをしてきた自分をダンと重ね合わせ、自らも人生をやり直すことを決意。父親同然の伯父キースと一緒に町を出ることを決意。直前にネイサンとヘイリーの電撃結婚を知って驚きながらも、生まれ故郷トゥリー･ヒルを後にして旅立っていく。
シーズン２
ダンが心不全の発作で倒れ、病院で意識不明の状態になったことをきっかけとして、バラバラになった彼らが再び集うこととなる。新生活をスタートさせたばかりのルーカスとキースは、ひどい仕打ちをされ続けてきたダンのために人生やり直しの機会をあきらめることに抵抗を感じていたが、最後にはやはり肉親の情が勝ち、トゥリー・ヒルに戻る決心をする。しかし、再会は果たしたもののルーカスとブルックとの間のわだかまりは完全に溶けたわけではなく、簡単には元の鞘にもどることができない。一方ヘイリーは元々好きだった音楽の才能が花を開き始め、その理解者として現れたクリスという青年と一緒にいるうちに、早すぎた結婚だったのかネイサンとの間に少しずつ亀裂が生じ始め、ついには別居状態に。そしてルーカスは父ダンからの遺伝で、スポーツを行うことが制限される病にかかっていることがわかる。
シーズン３
各々が悩みを抱えたまま迎えた夏休み。ヘイリーはトゥリー・ヒルに戻ってきたものの、入れ替わりにネイサンが、全米からバスケの優秀な選手を集めて特訓するハイフライヤーズのキャンプでフロリダへ、さらにブルックも父の仕事の都合でカリフォルニアへ行ってしまう。なかなか思い通りに行かない5人の関係は、新学期、どのような進展を見せるのか？
シーズン４
高校卒業を目前に控えたルーカスたちに、さまざまな事件が巻き起こる。
やはり運命の人はルーカスだと再確認したペイトン。彼への気持ちを聞いてしまったブルックは、ペイトンとの友情に再び終止符を打ち、宿敵だったはずのレイチェルと距離を縮めていく。ルーカスはブルックとそれでも恋人同士でいられるのか？それともペイトンの想いに応えるのか？再び展開される三角関係の行方は…？
一方、やっとの思いで元の熱愛夫婦に戻ったネイサンとヘイリーだが、希望する大学が東海岸と西海岸に分かれてしまう。さらに、経済的に困窮する二人の前にある人物が現れ、ネイサンは決して犯してはならないことに手を染めてしまう……。
キースとの子供をお腹に宿し、再びシングルマザーとしての責任を負うカレン。そんな彼女に接近するダン。しかしカレンはダンがキースに手をかけたことを知らないのだった…。
シーズン５
高校生活の中でさまざまな問題や危機を乗り越え、ルーカス、ネイサン、ペイトン、ブルック、ヘイリーらは大きく成長していった。そして高校卒業の日。ペイトンとブルックはそれぞれの夢を求めてロスへ行くことを決め、皆はバラバラの生活を送ることに。別れの時、ルーカスは「４年後、ここに戻ってこよう」と言った……。
あれから４年。それぞれの経験を経て、彼らは故郷に戻ってきた。成功した者、夢破れた者、未だ迷いを抱える者……。さまざまな思いを胸に、トゥリー・ヒルに再び集まった若者たちの友情と成長の物語が始まる。
シーズン６
高校卒業後、ばらばらになった彼らは自分たちの夢をかなえたように見えた。高校時代の夢であった作家活動に取り組むルーカス。シアトル・ソニックスからの指名を控え、輝かしい未来が待ち受けるはずのネイサン。英語の教師になったヘイリー。ハリウッドのレコード会社に勤めるペイトン。自身のブランドが大成功したブルック……。しかしその４年後、それぞれが行き詰まりを抱えて、故郷トゥリー・ヒルに戻ってきた。
ささいなことからはじまったケンカの結果、脚が動かなくなってしまったネイサンは自暴自棄の生活を送り離婚の危機を迎えるが、なんとか自分を取り戻し、リハビリをしてバスケットボール・プレイヤーとしての復帰を目指す。その妻ヘイリーは、教師としての仕事に自信を失いかけていたところに、帰郷したペイトンから依頼を受け音楽の仕事に復帰するが、ネイサンの浮気疑惑や仮出所してきた義父ダンの存在など悩みは尽きない。そして自身の成功にどこか空しさを感じ、子供が欲しいと思うようになったブルックは、手術を受けるためアメリカに来た赤ん坊アンジーの里親になる。しかしすっかり愛着のわいたブルックはアンジーを返したくないと思いが募り…。
処女作を成功させたものの以降スランプに陥っていたルーカスは、担当編集者のリンジーと結婚寸前までいくが、元恋人のペイトンとの関係がリンジーを困惑させ、結婚式はキャンセルされてしまう。若者の世界を変えるバンドを発掘する夢とショービジネスの世界との間で悩むペイトンは、会社を辞めてトゥリー・ヒルで独立し、ヘイリーと共に活動を始め、ミアというアーティストを見出す。しかし、ルーカスへの想いは消えておらず、リンジーとの間でまたしても三角関係に。
苦悩の末、愛の力を信じるようヘイリーに伝えられたルーカスは、空港へ向かい、「ラスベガスで結婚しよう」と電話する。その相手はペイトン？リンジー？それともブルック？果たして…？
シーズン７
ネイサンはなんとか自分を取り戻し、リハビリをしてバスケットボール・プレイヤーとしての復帰を目指し、ついにNBAのシャーロット・ボブキャッツから声をかけられるまでに。その妻ヘイリーは、教師としての仕事に自信を失いかけていたところに、帰郷したペイトンから依頼を受け音楽の仕事に復帰。ペイトンと共に見出したアーティスト、ミアをプロデュースすることに情熱をかける。
そして自身の成功にどこか空しさを感じ、トゥリー・ヒルに戻ってきたブルックには新たな出会いが。ルーカスの処女作を映画化したいと、プロデューサーのジュリアンがトゥリー・ヒルへやってきたのだ。お互いに惹かれあう二人だったが、ブルックはジュリアンの以前の交際相手であったペイトンに気兼ねして、またジュリアンはブルックのルーカスへの思いが気がかりでなかなか前へ進めない。しかしルーカスとペイトンの結婚を見届けたブルックは、ジュリアンを追ってLAへ飛び、ついに心を開いて「愛してる」と告げるのだった……。
ルーカスとペイトンが結婚してトゥリー・ヒルを去ってから１４ヵ月、ネイサンとヘイリーの一人息子ジェイミーの7歳の誕生日。パーティーに参加するためブルック、そしてヘイリーの姉クインがトゥリー・ヒルに戻ってくる。しかしクインは何か悩みを抱えているようだ。そして、ネイサンの代理人クレイのもとへ届いた一通のメールから波乱が巻き起こる…。
シーズン８
ネイサンは代理人クレイの強気な交渉で契約更改がなくなり、二人は決別するも、クレイの見事な逆転技でネイサンを無事契約更改させることができ、友情も元に戻る。ヘイリーは母を失った悲しみに一時は自分を見失ってしまうが、第二子を妊娠したことを知り、まだ見ぬその子が亡き母の生まれ変わりであることを確信する。
ブルックとジュリアンの仲は、トラブルメーカーの女優アレックスの存在に翻弄されるも、最終的にはジュリアンがブルックにプロポーズ。それぞれのカップルが元のさやに納まっていく一方、死別した妻サラの幻影をいつまでも追いかけていたクレイは、ヘイリーの姉クインと出会ったことで一歩前へ踏み出すことを決意、二人は交際を始める。しかし、交際を順調に進める二人の前に、サラに瓜二つの女性ケイティが現れた。クレイに執着するケイティは次第に常軌を逸した行動をとるようになり、ついには二人を銃撃してしまう！
シーズン９
プロバスケットボールプレーヤとして活躍中だったネイサンは、肉体の限界を覚えて引退、自身の代理人クレイだった共に、代理人としての新たなスタートを切る。第二子リディアを出産したヘイリーは、ブルックと共に、ルーカスの母カレンがオーナーだった「カレンズカフェ」を再オープン。
ブルックとジュリアンは紆余曲折がありながらもようやく結婚までたどりつき、二人の間には双子の男の子が産まれる。そしてさまざまな障壁を乗り越えてクインとクレイも順調な交際を重ねていくことに。すべてが幸せに満ち、「魔法の町」トゥリー・ヒルは穏やかな時間の流れに包まれていた……はずだった。
しかし、トゥリー・ヒルの仲間たちには、まだまだ平穏な時は訪れない！ クレイには夢中歩行の症状が出ていた。夜中に家から出て、公園で寝てしまう症状を心配し、クインは一晩中寝ないで彼を見張ることに。レーベルの新経営者が決まり、会いに行ったヘイリーの前に現れたのは何とあの……！？ 出張続きでなかなか家に戻れないネイサンだったが、帰郷の飛行機の着陸時間を過ぎても連絡がなく、携帯もずっと留守電。彼の身にいったい何が？ そして自分の撮影スタジオにかかわる問題で焦燥していたジュリアンは、生まれたばかりの息子に対して大変な失敗をしてしまう……。