シーズン１
血塗られた運命を兄弟は背負い、父が残した手帳を頼りに、母を、恋人を殺した悪霊を狩る旅に出る
カンザス州に住む若夫婦ジョンとメアリーは、長男ディーンと次男サムをもうけて幸せに暮らしていた。しかしある晩、彼らウィンチェスター一家に恐ろしい出来事が起きる。生まれたばかりのサムの部屋でメアリーの悲鳴を聞きつけたジョンは信じられない光景を目の当たりにした。なんとメアリーが天井に張りつけになり、その身体から火が噴き出したのだ。子供部屋はあっという間に火の海になり、ジョンは辛うじてディーンとサムを連れ逃げ出した。
それから20年以上が過ぎ、サム・ウィンチェスターはスタンフォードに通う大学生に成長。恋人のジェシカに励まされながら弁護士という夢に向かうサム。ロースクールの面接を数日後に控えた晩、兄ディーンが突然現れる。ディーンは、行方不明になった父親を一緒に捜してほしい、と言う。母メアリーが死んでから父ジョンは人が変わったように悪霊退治を始め、メアリーを殺した悪魔の正体を突き止めようとしていた。息子たちも幼いころからジョンの狩りに付き合わされ、長男ディーンは悪霊ハンターとして父親と同じ道を歩んでいる。サムはそんな父親の生き方について行けけずにいたのだ。しかし、父ジョンの身に危険が迫っている、というディーンの言葉に、面接までに戻って来るという約束で、サムは兄と共に父親捜しに出かける。
ジョンが最後に残した留守電メッセージを手がかりに、ディーンとサムは失踪事件の多発するある田舎町に向かう。どうやらその事件には幽霊が関わっているらしく、ジョンもその事件を追っていたようだ。そこでは、父ジョンは見つからなかったものの彼の手帳を見つけたディーンとサムは、そこから父親の行き先を判読。そしてウィンチェスター兄弟は失踪事件を引き起こしていた幽霊を見事退治する。
しばらく離れていたとはいえ兄弟の絆か、昔のコンビネーションがすぐさま戻ったことで、やはり最強のパートナーは弟であることを再確認し別れを惜しむディーン。だがサムは、父の行方を追うディーンを見送り、約束どおり自分のアパートへと帰っていく…。しかし帰宅した彼がそこで見たものは、天井に張りつけになった恋人ジェシカの姿だった！メアリーの時と同様、ジェシカの身体から火が噴き出しアパートは炎に包まれる。母と同じ超常現象で恋人を失い、ようやく父親の気持ちが理解できるようになったサムは、真実を求め復讐のために立ち上がることを決意。こうしてウィンチェスター兄弟の悪霊狩りの旅が始まった。
長い旅の末、ようやく父ジョンと合流したウィンチェスター兄弟。彼らは「どんなものでも殺せる銃」コルトを手に入れ、悪魔退治のため結束を固める。が、悪魔の罠にジョンが捕まってしまい、コルトの弾丸も残り1発となってしまう！ そしてシーズン1のラスト、ジョン、ディーン、サムの乗る車に悪魔の運転する巨大なトレーラーが激突！果たしてウィンチェスター家の3人の運命は？！
シーズン2
悪霊を倒しながらの旅の末、ようやく父ジョンと合流したウィンチェスター兄弟。彼らは「どんなものでも殺せる銃」コルトを手に入れ、メアリーとジェシカを殺した「黄色い目の悪魔」を追い詰めるも、逆に悪魔の攻撃を受け、ディーンは瀕死の重傷を負う。息子の命を救うため、ジョンは悪魔と取引し、自分の命とコルトと引き換えにディーンを救うことに成功する。父ジョンを失った兄弟は「黄色い目の悪魔」へのさらなる憎しみを深め、ジョンの友人のベテラン悪霊ハンター、ボビーの協力も得て、再び悪霊狩りの旅に。
旅の途中、サムとディーンは、サムと同い年で、同じように突如超能力に目覚めた若者達と出会う。それは悪魔の恐るべき計画の前触れだった。悪魔は彼ら超能力者を兵士として、人間界に対し戦いを挑もうとしていたのだ！超能力者たちを戦わせて生き残った者をリーダーにするという悪魔の思惑通り、彼らの間で殺し合いが始まり、その中でついにサムも命を落としてしまう。
ディーンはサムの命を救うべく、父ジョンと同じく悪魔と取引する。しかし、その取引でサムは救えたものの、ディーンの命は残り1年となってしまった…。さらに息つく暇もなく悪魔の暗躍は続く。悪魔の予兆が頻発し始めたワイオミングにある墓地に向かった兄弟は、そこにデビルズ・ゲート（地獄の扉）があることに気付く。決してこの扉を開けさせてはならない！ゲートの鍵となっているコルト銃を奪い返し、ディーンは残り1発の弾丸で黄色い目の悪魔を撃ち殺した。
しかし今一歩力及ばず、デビルズ・ゲートは開かれ無数の悪霊が解き放たれてしまう。サムとディーンの前にどんな敵が現れるのか。サムはリーダーとして悪魔に取り込まれるのか。そしてディーンは地獄に落ちてしまうのか。サムが悪魔の手下になってしまうと思い込んでいる悪霊ハンターは、仲間であるはずのサムを殺しに来るかも知れず、誤解からFBIにも追いかけられている兄弟。まさに四面楚歌といえる二人の前に、「黄色い目の悪魔」を超える最強の敵が現れる！！
シーズン3
そんな中、サムとディーンは、サムと同い年で、同じように突如超能力に目覚めた若者達と出会う。それは悪魔の恐るべき計画の前触れだった。悪魔は彼ら超能力者を兵士として、戦いを挑もうとしていたのだ！超能力者同士を戦わせて生き残った者をリーダーにするという悪魔の思惑通り、彼らの間で殺し合いが始まり、その中でついにサムも命を落としてしまう。
ディーンはサムの命を救うべく、父ジョンと同じく悪魔と取引する。しかし、その取引でサムは救えたものの、ディーンの命は残り1年とされてしまった。さらに、兄弟の宿敵「黄色い目の悪魔」をからくも倒したものの、デビルズ・ゲート（地獄の扉）が開放され、無数の悪霊が解き放たれてしまう…。兄弟の悪霊狩りの旅は終わることがないのだった。
そんな彼らの前に、悪魔を殺すことの出来るナイフを持つ謎の女性が現れる。ルビーと名乗るその女性はなんと悪魔だった。ルビーはサムに「1年しか余命のないディーンを救えるかもしれない」と言う。なぜ悪魔であるルビーがウィンチェスター兄弟に協力しようとするのか…。さらに、死の淵から戻ってきてからのサムは以前とうってかわって冷酷になり、その超能力も力を増していくのだった。
刻々と迫るディーンの命日。兄弟はなんとかディーンの取引を無効にしようと奔走し、ついに、すべての契約を握っている悪魔の名前がリリスであると突き止める。ルビーの「サムの超能力でリリスを倒せば、ディーンを救うことができる」という言葉にサムは心を動かされるが、リリスの罠にはまり、ルビーは何処かへと飛ばされ、ディーンは地獄の猟犬に切り裂かれて壮絶な最期を遂げる！
さらにサムの命をも奪おうとしたリリスだったが、なぜかリリスは突如攻撃をやめ、サムを見ておびえ始めた。反撃しようとしたサムだったが、リリスに逃げられてしまう。泣き叫ぶことしか出来ないサム…。
シーズン4
しかしその4ヵ月後、ディーンは天使カスティエルによって甦った。彼は神の命令によってディーンを甦らせたと言う。神が施した「６６の封印」が全て破られてしまったとき、魔王ルシファーが復活する。天使の目的はルシファーの復活を阻止すること。兄弟は悪魔と天使の戦争に巻き込まれていたのだった。
激化する戦いの中、サムの超能力は使うごとに強力になっていく。それはサムが悪魔に近づいていることを示しているのだ。サムを悪魔にしたくないディーンの必死の説得にも変わらず、サムはその力を使うことをやめない。能力を用いて敵を倒すことがディーンを救うことにもなるとサムは考えているのだ。お互いを思う気持ちが最悪の形ですれ違い、ついには兄弟で殺し合い寸前の争いになってしまう。
最後の封印が破られることを防ぐためにはリリスを殺すしかない、というルビーの言葉を受け、サムはついにリリスを倒すが、サムの目は悪魔のそれに変わってしまっていた。さらに、ルビーの口から恐ろしい真実が語られる。リリスの死こそが最後の封印を破ることに他ならないのだと言う。ルビーはこの瞬間のために今までサムをだまし続けてきたのであり、サムは皮肉にも自らの手で最後の封印を破るという結果を生み出してしまったのだ。
そこへディーンが乗り込んできてルビーを殺すが、時すでに遅し、恐ろしい地響きと共に地獄の底からルシファーが姿を現そうとしていた…。
シーズン5
イルチェスターの修道院に取り残されたサムとディーン。今にもルシファーが復活するというとき、なぜか彼らはイルチェスター上空を通過する旅客機に瞬間移動していた。ルシファーの復活を機内で見届けるサムとディーン。二人はカスティエルを捜すためチャックの家に向かう。
このまま天使と悪魔の最終決戦＜ハルマゲドン＞が始まれば、それに巻き込まれる人類は死滅してしまうだろう。一人でも多くの人の命を救うため兄弟は決意を新たにするが、過ちとはいえ一度は兄よりも悪魔の言葉を信じた弟の行動が二人の間に大きな溝を生み…。果たして兄弟の運命は？この戦争の結末は？
シーズン6
幼い頃悪魔の血を飲まされたせいで超能力が使える弟サムは、その能力を使うたび、本来の心優しい性格を失い悪魔に近づいていくようで、タフな兄ディーンも心を悩ませていた。
父ジョンや仲間のハンターたちを失いながらも、兄弟は悪魔との壮絶な戦いを繰り広げるが、敵の力は強大で、ついにディーンまでもが命を落としてしまう。しかしその4ヵ月後、ディーンは天使カスティエルによって甦った。彼は神の命令によってディーンを甦らせたと言う。神が施した「６６の封印」が全て破られてしまったとき、魔王ルシファーが復活する。天使の目的はルシファーの復活を阻止することだった。
兄弟は封印を守るべく必死の戦いを続けるが、サムが悪魔の罠にはまり最後の封印を解いてしまう。皮肉にもサムがルシファーを復活させてしまったのだ。このまま最終戦争＜ハルマゲドン＞が始まれば、それに巻き込まれる人類は死滅してしまうだろう。一人でも多くの人の命を救うため兄弟は決意を新たにする。
しかし戦いを続けるうち、ディーンが大天使ミカエルの「器」、そしてサムはなんとルシファーの「器」たる人間であることが分かる。そしてこの最終戦争がミカエルとルシファーの壮大な「兄弟げんか」であることも……。大天使の長であるミカエルは、最も愛し信頼していた弟ルシファーを父なる神の命令により地獄に突き落とした。それはまさにディーンとサムの関係そのもの。ディーンとサムが地上のミカエルとルシファーという役割であり、その対決は運命で決められているのだ。
自分たちが器としてその肉体を明け渡せば最終戦争が引き起こされてしまう。器となることを断固拒否する兄弟であったが、業を煮やしたミカエルは二人の異母兄弟であるアダムを甦らせ、彼を強制的に器としてルシファーとの最終戦争に臨む。そしてルシファーを倒す方法が、彼を檻に戻して再び地獄に閉じ込めることだと知ったサムはルシファーの器と化し、ルシファー、そしてミカエルも道連れに地獄の穴へと落ちて行った。最終戦争は自らを犠牲にしたサムの行為により食い止められたのだ。
サムとの約束を守りハンターを辞めて、昔の恋人リサ、そして彼の子供ベンとの平穏な暮らしを始めるディーン。そんなディーンの姿を路上から見つめるのは、地獄の檻に閉じ込められたはずのサムだった！なぜサムは自由の身なのか？魔王ルシファーとの戦いは本当に終わっていたのか？ハンターと無縁の新しい人生を歩き始めていたディーンは、大きな選択を迫られる……。
