シーズン１
1967年、ロサンゼルス。市警察に勤務する刑事サム・ホディアックは、昔の恋人グレースから「家出した16歳の娘エマを探して欲しい」と頼まれる。グレースの夫で弁護士のケン・カーンは政界進出を狙っており、うかつに警察への捜索願は出せないというのである。そのエマは、こっそり家を抜け出してボーイフレンドと出かけたパーティでチャールズ・マンソンという不思議な男に出会っていた。日頃から両親が不仲で冷たい家庭に嫌気がさしていたエマは、マンソンとその取り巻きたちに誘われるまま、彼らが共同生活をしている場所へとついていく。
エマがマンソンという男といることをすぐにつきとめたサムだが、第二次世界大戦で従軍し、戦前の価値観を持つサムにとって、新世代のヒッピーたちのライフスタイルは理解の及ばない未知の領域であった。そこでサムは市警察の麻薬課で潜入捜査を担当しているブライアン・シェイフにエマ探しを手伝わせることにする。今風の髪型にして無精髭をたくわえ、刑事らしからぬ風情のブライアンの方が、マンソンらに接近しやすいだろうと考えたのだ。さらに、マンソンに取り入るには若い女性がいた方が得策だと考えたサムは、市警の警官シャーメイン・タリーをリクルートする。
一方ケン･カーンは娘エマが行方不明になっていてもいつも通り仕事を続けていた。そんなケンの前に突然マンソンが現れ、エマは彼のもとにいることを告げる。目の前の男を恐れるあまり、身動きすらとることができないケン。ケンは過去にマンソンの弁護士だったことがあり、その際にマンソンに弱みを握られているらしいのだ。
そんな中、サムとブライアンは、黒人が多く住む地域で白人女性が殺された事件の捜査に担ぎ出されるが、黒人住民たちの敵意の眼にさらされる。アメリカでは折しも黒人解放闘争を展開するブラックパンサー党が結成されたばかりだった…。
シーズン２
1960年代も終わりに近づいたロサンゼルス。市警察に勤務する刑事サム・ホディアックは、昔の恋人グレースから「家出した16歳の娘エマを探して欲しい」と頼まれる。グレースの夫で弁護士のケン・カーンは政界進出を狙っており、うかつに警察への捜索願は出せないというのである。日頃から両親が不仲で冷たい家庭に嫌気がさしていたエマは、パーティーで出会ったチャールズ・マンソンという不思議な男が率いる”ファミリー”と一緒に暮らし始めていた。
マンソンに不穏なにおいを嗅ぎ取ったサムは、今風の髪型で無精髭をたくわえ、刑事らしからぬ格好をして市警察の麻薬課で潜入捜査を担当しているブライアン・シェイフに、マンソン・ファミリーに接近してもらうよう頼む。さらに、マンソンに取り入るには若い女性がいた方が得策だと考えたサムは、市警の制服警官シャーメイン・タリーをリクルートする。ブライアンとシャーメインはそれぞれ、マンソン・ファミリーへの潜入に成功。マンソンや彼の右腕ロイの信頼を得るようになっていく。
一方、エマの父ケンは、娘がマンソンのもとに居ることを知りながら、連れ戻せないでいた。ケンは、昔、マンソンの弁護士だった時に、同僚弁護士のハル・バニエンと自分が犯した殺人を隠蔽する手伝いをさせた負い目があったのである。ケンとエマ父娘とマンソンとの接点を探していたサムは、キャロライン・ビーチャーという娼婦の失踪事件に目を付ける。サムがキャロラインの事件について嗅ぎ回っていることを警戒するハルだが、ある晩、血だらけになってケンの自宅を訪ねてくる。マンソン・ファミリーの女性とSMプレイの最中に誤って殺してしまったというのである。これ以上、ハルを生かしておくのは危険だと悟ったケンは、自殺に見せかけてハルを殺そうとするが、瀕死の重傷を負ったハルに逃げ出されてしまう。
ある事件で必然性が無いにもかかわらず犯人を殺したホディアックだったが、世間体を気にした警察は、ホディアックを処罰する代わりに事件を解決したお手柄という名目で表彰。ホディアックはちょっとした有名人になる。そんな彼のもとに女性の写真入りの封筒が届く。最初はファンレターの類かと思われたが、写真の女性は失踪した人物だということが判明。ホディアックは捜査に乗り出す。
相変わらず追従者たちと共にコミューンに暮らすマンソンの元に、刑務所で同室だったラルフ・チャーチという黒人の前科者が訪ねてきて、自分とその仲間たちをコミューンに住まわせろと要求してくる。迷惑顔をするマンソンだが、自分には借りがあるはずだと主張するチャーチは強引に仲間たちを連れてコミューンに住み始める。
時は変わり、1969年8月9日、午前4時24分。マンソンは怯えた様子のエマに、ヘルター・スケルター（最終戦争）の到来を告げる……。
