遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX

デュエルアカデミア高校の入学試験に向かう遊城十代は、伝説のデュエリスト・武藤遊戯に出会い、1枚のカードをもらう。彼は遅刻しながらも、試験を受けさせてほしいと頼むが、クロノス教授は無駄だと言い放つ。

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アカデミアでの生活が始まった十代は、劣等生が集まるおんぼろの寮・オシリスレッドという寮に配属される。十代は優等生のオベリスクブルー・万丈目ともめ事を起こし、互いのベストカードを賭けてデュエルする。

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クロノスは明日香の偽ラブレターで十代をわなにはめようと考えた。ところが、わなにはまったのは、翔だった。女子寮で取り囲まれてしまった翔を助けるために、十代と女王・明日香の決闘が行われる。

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月に一度のテストが行われるが、十代は寝坊した上に、途中で荷物を運ぶおばさんを助けたため、大遅刻。筆記試験が終わり、生徒たちは購買部で新カードを手に入れるが、十代は遅れたため、手に入れそこねる。

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生徒が次々に消えた、と言い伝えられる幽霊寮で十代たちは、明日香の兄の手掛かりを探そうとする。するとそこにクロノスが雇った・タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。タイタンのデッキは闇のゲームを彷彿させた。

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タイタンのダイスは当たり続け、追い込まれた十代は、体がさらに消えていく。意識を失いかけた十代だが、ハネクリボーの声に呼び覚まされ、タイタンのカラクリを見破る。偽・闇のゲームは終了したかに見えたが…。

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幽霊寮へ侵入したことがばれ、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学に追い込まれることに。十代は翔を励ますが、翔は自信がない。翔はデュエルを特訓する。

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十代は、翔の心の傷を知るために、兄でカイザーの異名を持つデュエリストの亮に挑戦。亮のサイバードラゴンを基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがあり…。

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引きこもりがちの隼人を、父である熊蔵が学園に乗り込み、実家に連れ帰ろうとした。すると隼人と熊蔵の決闘が始まる。世界的にも高名なデュエリスト・熊蔵の一撃必殺、酔いどれデッキに一同はあぜんとする。

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十代と翔は学園残留を懸け、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋・迷宮兄弟と決闘する。迷宮兄弟は数ターンのうちに雷魔神、風魔神、水魔神を召喚。それらを融合して「ゲート・ガーディアン」を召喚する。

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攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦を強いられる。十代は翔に「お前ならできる」と励まされ、魔法カード「シールドクラッシュ」によって、ゲートガーディアンを破壊する。

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ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではトップの優等生だ。陽気で屈託のない三沢を好きになる十代。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場が危うくなっていた。

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行方不明の万丈目を探していた十代は、人間の手によって改造されたデュエル猿・SALに出会う。SALは女子を人質にとり、脱走を主張。そんなSALに十代は、デュエルで話をつけようと持ち掛ける。

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冬休みとなり多くの生徒が帰省した。そんな中、オカルトを研究する高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺は、後にサイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生贄にしようとしていると言う。

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テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、その罰として、テニス部の部長・綾小路にしごかれる。また、十代が明日香と話していると、綾小路が勘違い。フィアンセの座を懸けて決着をつけようと言い出す。

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オベリスクブルーの生徒が、深夜に現れる謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が続発した。クロノスは十代にその犯人を探すよう命じる。十代は、ラーイエローの大原を捕まえるが…。

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十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、最近何者かに盗まれ続けていた。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗んでいた。また、大山のデッキは無謀で大胆なものだと発覚する。

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学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになったが、その前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれてしまう。神楽坂はクロノスと翔を一瞬で破り、十代の前に現れた。十代と神楽坂の決闘が始まる。

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遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に十代は苦戦する。LPはすでに1300対4000となっていた。十代は、攻撃力2800の混沌の黒魔術師、ブラックマジシャン・ガール、カオスソルジャーなどに圧倒される。

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十代の部屋に転入生の少年レイが加わったのだが、風呂に入らなかったり、カイザーに執着したりと不可解なことが多かった。レイがカイザーの部屋を物色した時、その後を追った十代はレイのある秘密を知る。

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学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代と三沢が対峙。三沢は十代を打ち破るために、7番目のデッキを準備。十代は三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Eヒーローで対抗する。

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十代は融合を三沢に封じられてしまい、Eヒーローを進化させることができず苦戦。攻撃力2600の三沢のウォータードラゴンに、フィールド魔法・摩天楼でEヒーローをパワーアップさせて拮抗する。

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十代の排除を狙うクロノスは、茂木を動員する。これまで茂木とデュエルした者は、2度とデュエルができなくなっているという。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力が300しかなく、頼りない感じだが…。

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格下寮の十代と三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息も絶え絶えに大海原を彷徨い、謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。だが、そこでは苦行とデュエルが待っていた。

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アカデミアとノース校との対抗戦が始まる。十代の前には逞しくなった万丈目が現れた。彼はノース校で万丈目サンダーと呼ばれている。また、十代と万丈目サンダーのデュエルは、万丈目一族の力で、テレビ中継される。

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万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップし、レベル7となり、十代は防戦一方となる。だが、十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃。また、万丈目の気持ちは、客席の兄に向けられていて…。

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大徳寺先生から誘われて、十代たちは課外授業で古代遺跡に向かうが、そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑を掛けられてしまう。十代と墓守の長は、大徳寺たちの身柄を懸けて、闘いを開始する。

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十代はハネクリボーの進化コンボを封じられたため、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚。墓守一族の連携プレーの影響で十代のライフは500に下がる。だが、墓守のアサシンは、攻撃を一瞬ためらう。

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7人の刺客・セブンスターズの手から、アカデミアの奥にある3枚のカードを守るために、十代たちは校長から7つの鍵を渡される。セブンスターズの1人目の刺客・ダークネスが十代の前に現れ、決闘が始まる。

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LPが700対3000となり、十代は苦しむ。ダメージのたびに自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険にさらされ、心身ともに辛い状況に陥る。ダークネスは、レッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚するが…。

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美しくも不気味なバンパイア女・カミューラが2人目の刺客として上陸。十代は前回勝利を収めたが、闇のゲームで体力を消耗したために安静にしていた。クロノスは不本意ながらも、カミューラと闘うことになった。

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クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手として、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。闘いが始まると、カイザーは序盤から容赦なくパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴンで攻撃を仕掛ける。

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吹雪から闇のアイテムを受け取った十代は、カミューラに決闘を挑む。十代は、攻撃力2800のテンペスターを召喚。カミューラは幻魔の扉で、明日香たちを生贄にしようとするが、十代の闇のアイテムが阻止する。

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十代は重いデュエルが続いたため、落ち込んでいた。また、彼はハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れ、ブルーアイズのカードが十代と戦いたがっていると言う。

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万丈目の兄がアカデミアの買収を目論む。買収の条件として、万丈目サンダーと万丈目の兄・長作の決闘が行われることになった。ハンデを背負った万丈目は、弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。

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3人目の刺客・アマゾネスのタニヤは、三沢を指名して、負けたら婿になれという。闘いが始まると、計算し尽くされた三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。

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決闘の後、三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放された。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベルは、全てにおいて三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を抱き、タニヤに勝負を申し入れる。

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アナシスという大金持ちの男が島に上陸し、三幻魔のカードを賭けて闇のデュエルをしようと言う。海底でデュエルを始めようとすると、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」を勘違いしていたことに気付く。

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十代たちの「七精門の鍵」が学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団5人衆によって盗まれる。事件解決後、万丈目と黒サソリ団の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻撃するが…。

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セブンスターズの次なる刺客は、古代エジプトで無敗を誇り、デュエルの神と呼ばれた少年王・アビドス3世だ。十代とアビドス3世の決闘が始まる。十代は互角の勝負をし、アビドスに「本当は弱いだろう」と言い放つ。

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明日香は看病を続けている兄の記憶を懸けて、タイタンと決闘することになった。だが、タイタンは以前のいんちき決闘者ではない。真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。

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学園祭でコスプレデュエル大会が開催され、明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンにそれぞれ扮装する。また、十代とのデュエルには、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補するが…。

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アカデミアに乗り込んだ青年・ボーイが、セブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。すると、旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイは、コインの表裏を当ててデュエルをリードしようとする。

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大徳寺先生が消えたため、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入っていった。一方、消えた吹雪を追う明日香は、最後のセブンスターズ・謎のデュエリストと決闘する。

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七精門の6つの鍵が開いた。十代は廃寮に行き、そこで大徳寺のミイラ死体を発見。そこに最後のセブンスターズ・アムナエルが現れる。十代とアムナエルの決闘が始まる。敵は錬金術の考え方に基づくデッキだった。

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十代とアムナエルの決闘が続く。アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体も大徳寺だ。この姿は錬金術により人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオスらを使い…。

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明日香への恋心が抑えられない万丈目。吹雪にそそのかされると七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要。万丈目と明日香の恋を懸けた決闘が始まる。万丈目は恋文などのカードを使いつつ、恋の誇大妄想をする。

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理事長・影丸老人が七精門の鍵を奪って三幻魔のカードを手に入れたことから、十代と決闘が始まる。影丸は、第1の幻魔・神炎皇ウリアを召喚。攻撃力は墓地の罠カードの数の1000倍で、相手の罠を跳ね返す。

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攻撃力が5000と4000という2体の幻魔が、十代に立ちはだかる。さらに攻撃力4000の第3の幻魔・幻魔皇ラビエルも召喚される。影丸は、デュエルモンスターから永遠の生命を得ようとしていた。

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隼人は、インダストリアル・イリュージョン社のカードデザインコンテストで優勝する。そんな隼人とクロノスが決闘を行う。ミスのない隼人は、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負を繰り広げる。

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カイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名。十代とカイザー亮のデュエルが始まる。気負った十代はいつもより注意を払い、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。

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十代とカイザー亮の闘いは続く。十代は、強化されたサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP・100でどうにか食い止める。また、腹が減った十代はおにぎりを食べて、本来の自分らしさを取り戻すが…。

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十代たちは2年生になった。おとなしそうな新入生が十代とデュエルするが、新入生のデッキは強力ではなかった。それは直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだったからだ。

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万丈目は、中等部でトップのエリート新入生の五階堂とデュエルする。万丈目はかつて中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使っていた。新入生は万丈目を落ちぶれたと言う。

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イエローの1年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑んできた。剣山は元番長で、十代を倒すことにより、アカデミアでもカリスマであることを証明しようとしていた。剣山は、恐竜デッキを使う。

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翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がるが、その条件は、クロノスが用意したブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことだった。これに翔は怯えるが、十代たちの言葉に奮起し、やる気を出し始める。

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プロのリーグでカイザー亮とエド・フェニックスがデュエル。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは異なり、カードや戦術を持ち、フェニックスガイを融合召喚する。十代たちはエドを強くないと思うが…。

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どちらが真のヒーロー使いか、決着をつけるために、十代とエドのデュエルが始まる。フレイム・ウィングマンで先制攻撃をする十代。一方、エドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちを仕掛ける。

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十代とエドのデュエルは続く。エドはフィールド魔法・幽獄の時計塔を発動させ、運命の時を刻み、さらにDヒーロー・シリーズのモンスターを次々と召喚。十代は自軍のヒーローを消され、数ターン先に飛ばされ苦しむ。

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エドに負けた十代は、カードが白紙にしか見えなくなる。一方、クロノスたちの命を受けた吹雪は、妹の明日香とデュエルすることになった。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビで芸能界デビューを狙う。

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万丈目の前に神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードを伏せたままにして万丈目にデッキをシャッフルさせ、引いたカードによって万丈目の運命を見通すというタロットのような戦い方を見せた。

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亜空間を彷徨う失意の十代。イルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。しかし、それは宇宙意思の力によって完全なるカードに進化していた。

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イエロー寮長の樺山教授は、カレーを餌にレッド寮に入り浸っているティラノ剣山らを寮に連れ戻そうとする。剣山対樺山のデュエルで、樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、「カレー魔人ルー」を召喚した。

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十代の留守中に、翔とティラノ剣山が「十代の弟分」の地位をめぐって対峙。兄貴への熱き思いをかけたデュエルが始まる。まず、剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が翔にダイレクトアタックを決めた。

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プロリーグでエドに負けて以来、精彩がなかったカイザー亮は怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いカイザー亮対犬飼のデュエルが始まった。

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森で迷子の十代は、空腹のため薄れゆく意識の中、今までのデュエルを思い出していた。入学試験で、ロノス教諭の「アンティーク・ギア・ゴーレム」を「フレイムウィングマン」で打ち破った記憶などが脳裏に蘇る。

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久しぶりに帰ってきた十代がレッド寮の廃止を懸けてエドと戦う。エドのDヒーローは依然強力だが、十代は前回の敗北から完全に立ち直り、宇宙の波動をキャッチして進化するという「ネオス」デッキで戦うと言う。

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ネオスデッキを使いこなせない十代は、Dヒーローの直接攻撃に遭いLP・200にまで後退。しかし、ネオスデッキから「エア・ハミングバード」でライフを回復させ、「フレア・スカラベ」を攻撃力を上げて召喚する。

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レッド寮廃止をめぐりクロノス臨時校長とナポレオン教頭が衝突。デュエルが始まり、ナポレオンの軍隊デッキから3体の「トイ・ソルジャー」が現れ、魔法カード「強行軍」「鼓笛隊」によりクロノスに大打撃を与える。

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万丈目はブルーの生徒を次々と倒し、ブルー寮を白く染める不可解な行動を取る。斎王が率いる「光の結社」こそが学園を納めるべきだと万丈目は言うが、明日香がそれを阻止しようとデュエルする。

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白の結社からシューティングゲームの覇者・銀流星が刺客として送られ、宇宙戦艦さながらのデュエルシステムで十代と銀が戦う。銀の「巨大戦艦テトラン」は3重のシールドが張りめぐらされ、なかなか破壊できない。

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白の結社から強豪プロデュエリスト「エックス」が送り込まれ、十代とデュエル。エックスの戦法「デッキ破壊」は初対戦で勝つことが難しい。エックスの戦術にはまり、十代は大量のカードを墓地に送られ危機に陥る。

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斎王はタロットで見通した「なびかぬ力」を確かめるため、アカデミアに乗り込んでティラノ剣山にデュエルを仕掛けた。斎王のタロットデッキは、カードの「正位置」「逆位置」で運命が反転する。

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十代は修学旅行の行き先を決めるため、斎王たちの代表の少女・ローズとデュエルする。ローズのデッキはカエルデッキで、序盤から「悪魂邪苦止」を墓地に貯め、やがて十代に致命的なダメージを与えた。

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アカデミアの生徒一行は修学旅行に出発。十代たちは武藤遊戯の生家を訪ねて双六爺さんに出会う。町を散策中に双六がさらわれ、追っていた翔と剣山は背中合わせのまま、光の結社の刺客にデュエルを仕掛けられる。

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剣山の恐竜モンスターは氷丸の氷デッキと相性が悪く、翔の乗り物モンスターは雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。しかし、口げんかをしていた翔たちはやがて団結し始め…。

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斎王の妹・美寿知に戦力外通告をされた岩丸。十代を倒そうと躍起になるも十代の顔が分からず途方に暮れている時、レッド寮のキャンプに合流した。そして十代と岩丸は、互いに正体を知らないが仲良くなる。

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十代、エド対美寿知の変則タッグデュエルが開始。美寿知は「鏡」を使って自分をもう1人出現させる。翔たちを救いたい十代、ナンバー1であることを証明したいエド。2人の思惑は異なり連携プレーもうまくいかない。

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美寿知は2体の「魔鏡の式神」を生贄にし、戦闘では破壊されない無敵の「闇の神－ダークゴッド」を召喚した。さらに、フィールド魔法「無限の降魔鏡」で合わせ鏡に映し、10体のダークゴッドを場に揃える。

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レッド寮に転校生の美少女・アリスが現れた。剣山はアリスに夢中になるが、不審に思った三沢は同名の謎めいたレアカードの存在を知る。十代はアリスがデュエリストを呪い、剣山を取り込もうとしていることを知った。

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明日香に思いを寄せるクイズ王の神田は、明日香と口論している十代に出くわしデュエルを挑む。神田はクイズデッキを使い、永続魔法「クイズアワー」を発動。十代が攻撃するたびにクイズ司会者のごとく問題を出す。

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三沢は光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、自分が弱いと思われているのかと焦り、斎王に会って「デュエルで勝ったら島から出て行け」と言い放つ。そして、斎王の代わりに万丈目が三沢とデュエルする。

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ヘルカイザー亮は封印された強力デッキを求め、「サイバー流デュエル」の昔の師範・鮫島元校長を訪問。亮と鮫島の師弟対決が始まった、サイバーエンドドラゴンを召喚する亮に対し、鮫島はコピーモンスターで防ぐ。

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鮫島校長が「デュエル・ワールドカップ」の開会を宣言。アカデミア島を舞台に生徒と世界のプロデュエリストが参加する一大デュエル大会だ。斎王は、ヨーロッパの強国のセレブ・オージーン王子とデュエルする。

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十代の前に研究者風のフランツが現れる。彼はＩ2社の社員で、最強カード「ラーの翼神竜」のコピーカードを使う危険な男だった。十代対フランツのデュエルが始まり、フランツは序盤から「ラーの翼神竜」を召喚する。

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対戦相手がいないと嘆いていた十代だったが、彼の前で突然太鼓が鳴り響き、桜吹雪が舞う。その中から歌舞伎の衣装を身に付けたプロデュエリスト「カブキッド」が登場し、十代にデュエルを挑んだ。

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プロデュエリストと対峙する万丈目。光の結社の一員となった彼はホワイトナイツ・ソードマンのカードを操り、圧倒的な強さで勝った。そのデュエルを観戦した十代に対し、万丈目は対戦を要望するが…。

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光の結社の一員である万丈目は、斎王から託されたカード「ホワイトナイツ・ロード」を使って十代に攻め入った。一方、十代は万丈目にとって大切な「おジャマトリオ」のカードを使って防戦する。

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ヘルカイザーとなった亮がジェネックスに参加するためアカデミアに帰ってきた。その様子を見ていた親友「吹雪」は、以前ダークサイドに落ちた時に救ってくれた恩を返そうと、ヘルカイザーの前に立つ。

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生徒たちがプロデュエリストに負けることでアカデミアの評判が悪くなることを危惧したクロノスとナポレオン教頭は、ある計画を実行に移す。一方、ジュンコとモモエはあるプロデュエリストとデュエルしていた。

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ジェネックスにワンターンで相手を倒すデュエリストが参加しているとのうわさが流れる。その正体は死神のカードと契約し、ドローパワーを得た橘だった。十代は死神に魂を売った橘とデュエルをすることに。

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クロノス平教員とナポレン教頭は、解雇されるとささやかれている中、鮫島校長から「出て行け」と怒鳴られる。2人は鮫島校長を訪ねようとしていたII社のペガサス会長を見かけ、I2社への就職を志願するが…。

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斎王の中で2つの人格が葛藤していた。光の波動を受けて世界を破滅しようとする人格と、それを防ごうとする善良なる心を持つ人格だ。善良な人格は世界の破滅を防ぐべく、重要なカギを十代とエドに手渡すが…。

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斎王によって強化された明日香のデッキは十代を徐々に追い込む。苦戦する十代は何とか元の明日香に戻るよう「心」に訴え掛けるが、全く十代の言葉に耳を傾けない明日香はついに最強のカード「白夜龍」を召喚する。

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優しくて尊敬できる兄さんに戻ってほしいと願う翔は、ヘルカイザー亮にデュエルを望む。亮は非情にも翔に、ライフポイントの減少と同時に電流を浴びるデュエルを条件に出す。そして、亮対翔の兄弟デュエルが始まる。

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光の波動を受けた斎王は重要なカギを奪還すべく、十代が最も不得意とする理論的なデッキを組む天才物理博士、ツバイン・シュタインを送り込んだ。ツバインは相対性フィールドを発動し、十代を迎え撃つ。

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鮫島校長が開催したジェネックスの真の目的は「究極のDのカード」を持つ者を探すことだった。またエド・フェニックスも同様に、父を殺してカードを持ち出した犯人を捜すためデュエルを行っていた。

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世界チャンピオンDDが自分の父親を殺し、カードを奪ったという真実を聞かされたエドは、斎王から託された鍵をかけたデュエルを挑まれることになった。エドはDヒーローのカードを駆使して戦うが…。

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オージーン王子の秘書であるリンドから「鍵」の秘密を聞かされる十代。その「鍵」とはレーザー衛星のコントロールキーだった。オージーン王子は斎王の命を受け、十代から「鍵」を奪うべく彼にデュエルを挑む。

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光の波動が斎王に取り付いたという父の言葉を確かめるべく、エドは光の結社専用デュエル場に赴き斎王に問いただす。しかし、斎王は光の波動に取り込まれて別人格となり、エドにレーザー衛星の鍵を返すよう強要する。

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エドと斎王のデュエルは続き、斎王は21番目のアルカナフォース「ザ・ワールド」を炸裂させた。大きなダメージを受けたエドだが、光の波動に取り込まれた斎王の中に、「本当の斎王」がいると信じて戦い続ける。
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光の波動に取り込まれた斎王との戦いに負けたエド。斎王はエドと引き換えに「レーザー衛星」の鍵を十代に要求。十代は窮地に立たされるが、その時「ネオス」が現れ、鍵が斎王に渡るのを阻んだ。

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光の波動に取り込まれた斎王は「カードの精霊たち」の力も弱めるという効果があるフィールド魔法「光の結界」を発動し、十代のモンスターたちを追い込む。さらに斎王はアルカナフォース「ザ・ワールド」を召喚した。

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グローネオスを召喚して光の結界を破壊し、形勢を逆転した十代は邪悪な斎王にダイレクトアタックを仕掛ける。窮地に立たされた邪悪な斎王は、「ザ・マテリアル・ロード」などを生贄とし、強烈な一撃を与える。

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新学期を迎える前日、万丈目は白の結社によって白くなった校舎をブルーに塗る。一方、斎王戦で共に戦ったネオスと今までの戦いを振り返る十代は、エド戦での敗北から始まる色々な体験を思い出していた。

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新学期が始まったデュエルアカデミア。ここに学校のチャンピオンである「アモン」「オブライエン」「クロコダイル」と「プロフェッサー・コブラ」と「謎の男」が留学生として招待され、新たな仲間となった。

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ヨハンは「アメジスト・キャット」、「トパーズ・タイガー」と次から次へと宝王獣を召喚させた。十代もネオスペーシアン「フレア・スカラベ」と「ネオス」をコンタクト融合させ、「フレア・ネオス」で対抗する。

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プロフェッサー・コブラは実力公開システムであり、オープンにデュエルを行う「ディスクロージャーデュエル」を宣言。そのデュエルの熱さ、決断力といった闘う心を測定するデスベルトを全校生徒に装着させる。

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翔を人質にすることで十代の潜在能力を全て発揮させようとするオブライエンは、思惑どおり本気のバトルを繰り広げる十代に対し、炎デッキで応戦。十代のダイレクトアタックを受け、直接攻撃の無効化を試みる。

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ジム・クロコダイルはデュエルアカデミアで強い電磁波が発生していることに気付き、十代、ヨハン、翔、剣山と共にジャングルで調査を開始。そこである強い電磁波が発生し、ワニの「カレン」が剣山に襲い掛かった。

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コブラは自分の近辺を調査しているアモンに気付き、デスデュエルを行うよう催促。アモンもコブラが自分の命を狙ってくると察し、ある作戦に出た。一方、万丈目はアモンのことが気になり、彼について調べる。

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万丈目はVWXYZドラゴン・カタパルトキャノンを召喚し、怒涛の攻撃をアモンに浴びせた。余裕の笑みを浮かべたまま攻撃を受けていたアモンだが、ついに反撃に転じて万丈目にダメージを与える。

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デス・デュエルにより大量の負傷者が出たことで、プロフェッサー・コブラがその事件に関与していると確信した十代たちは、コブラが潜む研究施設SALに急行。ここでコブラを探す最中、十代は佐藤先生に出会う。

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佐藤はスカブ・スカーナイトの効果によりバースト・レディとエア・ハミングバードを味方にし、十代に攻撃を仕掛けた。これを受け、十代もセイラーマンを融合召喚させ、佐藤にダイレクトアタックを仕掛ける。

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十代たちに送り込んだコブラの第2の刺客はカードの精霊が見えるギースだった。彼は宝玉獣のサファイア・ペガサスを生け捕りにし、デュエルを強要。体力の消耗した十代に代わってヨハンがギースに立ち向かう。

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ギースは色々なトラップカードで宝玉獣を捕らえていき、ヘル・ガンドックを召喚してヨハンを攻撃した。彼の卑劣なデュエルに怒りを覚えたヨハンは、ギースのわなを予測し、それを上回る戦術で反撃に出る。

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コブラの刺客を倒した十代とヨハンの元に明日香やジムらの仲間が集まり、プロフェッサー・コブラの元に急ぐ。一方、単独でコブラの元に向かっていたアモンは十代たちよりも先に到着し、「彼らは来ない」と告げた。

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コブラは十代が召喚したモンスターに毒を浴びせ、攻撃力を下げて破壊した。対する十代はスパークマンとエッジマンを融合し、新しいヒーロー、プラズマ・ヴァイスマンを召喚してコブラと渡り合う。

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コブラのモンスター「毒蛇王ヴェノミノン」の攻撃に手を焼く十代。しかし、マジックカード「ミラクル・フォージョン」を引き当てたことでワイルド・ジャギーマンを召喚し、ヴェノミノンを破壊した。

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コブラとの死闘で気絶した十代が目を覚ますとそこは砂漠で、デュエルアカデミアの校舎だけが建っているという異常な状況だった。地質学に詳しいジムは、デュエルアカデミアが異世界に飛ばされたのではと告げる。

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何者かによって重傷を負ったレイを治療する薬を手に入れるため、十代たちは三沢が見た潜水艦に向かう。そして、砂漠を歩いて渡らなければならない十代たちの前に、実体化したタイタンが現れて行く手を阻む。

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潜水艦で薬を見つけた十代たちはデュエルアカデミアへ急行。一方、学園を守るために警備していた万丈目を怪しい生徒たちが訪ね、デュエルを申し込む。引き受ける万丈目だったが、次から次にデュエルを申し込まれる。

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学園内にゾンビ生徒が増殖。このままでは重傷で寝ているレイがいる保健室も占領されると動揺する十代。みんなで保健室に向かう途中、何度もゾンビ生徒に襲われた末、十代とヨハンは何とか保健室に到着するが…。

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学園内にはゾンビ生徒が徘徊し、外は実体化したモンスターがいるという危機的状態に追い込まれた十代たち。バリケードなどを作って懸命に防御している中、空腹に耐えかねた原田、寺岡、山中たちが行方不明になる。

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ヨハン対「無表情」仮面、オブラエン対「笑い」仮面、ジム対「怒り」仮面の食料倉庫を懸けたデュエルが続く。ヨハンは「無表情」仮面の「沈黙の虚構」により追い込まれ、ジムも劣勢に追いやられる。

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三幻魔が収められている場所に向かったマルタンを追う十代。しかし、彼の前にゾンビになっている万丈目が立ちふさがった。どうしても道を譲らない万丈目に対し、十代はデュエルをすることになる。

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鮫島校長とペガサスはレインボードラゴンを収める石版を発見し、その現場へと向かった。一方、三幻魔のカードを手にしたマルタンはアモンに対し、「三幻魔を賭けてデュエルをしよう」と挑発する。

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レインボードラゴンのカードを受け取るには壮絶なるデュエルエナジーが必要なため、ヘルカイザー亮とヨハンがデュエルをする。亮は最初のターンからキメラテック・オーバー・ドラゴンを召喚して優位に立った。

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マルタンはデュエルゾンビになった生徒たちを人質に十代を誘った。十代はマルタンの三幻魔のカードを警戒しつつもデュエルを開始。マルタンは攻撃力0のカオス・コアを召喚し、カード1枚を伏せてターンを終了する。

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レインボードラゴンのカードを手に入れたヨハンが戻り、十代と共にマルタンとデュエルを開始。不利な条件など全く意に介さないマルタンは三幻魔である幻魔皇ラビエル、降雷皇ハモン、神炎皇ウリアの召喚に成功する。

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レインボードラゴンの力で十代たちは無事に現実世界に戻ることができたが、ヨハンは戻ってきていなかった。今回の事件は「ユベル」のカードが元凶だったと知った十代は責任を感じ、自分を追い込む。

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ヨハンを探すため、デュエルアカデミアで起こった「揺り戻し」により再度異次元の世界に戻った十代たち。しかし、戻った世界は以前とは違う所だった。ヨハン救出に焦る十代は単独で行動し、地下の迷宮に迷い込む。

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地下迷宮を脱出し、出口の扉を開いた十代たちは次なる世界へ向かう。そこは中世ヨーロッパのような石畳の道と石で作られた建物の世界だったが、町は人の気配がなく、何者かに荒らされたように荒廃していた。

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ヨハンらしき人物を見たという情報を得た十代はその場所に向かう。残された明日香たちは戸惑いつつも十代の後を追う。カイルたちを守っていた戦士フリードは、今の状況を好機と考えて住民たちの避難を行う。

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地図とソニックダックを手に入れた十代は次なる目的地である砦を目指し、またも1人で先に行く。明日香たちは十代の行動に困惑しつつも後を追う。そんな明日香たちに、暗黒界の狂王ブロンの手下たちが襲い掛かる。

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狂王ブロンは永続魔法「邪心経典」を発動させ、速攻魔法をも発動させることにより人質の1人、万丈目が光の粒子となって消えた。残りの人質である明日香、剣山、吹雪が犠牲になるため、十代は攻撃できない。

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剣山、吹雪、明日香らが光の粒子となって消えても勝利を求めて戦う十代のデュエルを見た翔は、彼に対して疑心を抱き始める。そして、十代を忘れようとして歩いているとオジャマ・イエローが溺れているのを発見する。

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行方不明の十代を探すジムとオブラエインはその道中、バトルフットボーラーに襲われている老人と少年を助ける。ジムたちは老人からデュエリスト狩りを行っている覇王軍のことを聞き、老人と少年の集落へと向かう。

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覇王の正体は十代だったため驚愕するジムとオブライエン。ジムは「なぜなんだ」と問うが、覇王十代は何も答えない。2人は一度その場から逃げ、ジムはオブライエンに、包帯を巻いている右目の秘密について語った。

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覇王十代は「E-HERマリシャス・エッジ」を召喚し、ジムへ強烈な攻撃を仕掛ける。ジムも「ウルルの守護者」を召喚させて防戦。さらなる覇王十代の攻撃を受け、瀕死の状態になるもジムはデュエルを続け…。

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十代の行方を追うヘルカイザー亮とエド。ゴブリン兵から情報を聞きだし、覇王が十代であることを知って覇王城へと向かう。一方、覇王十代の強さに恐怖したオブライエンは、その場から逃げて廃墟の中に潜んでいた。

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スカルビジョップの裏切りを見破ったオブライエンが、デュエルでヴォルカニック・エッジなどを召喚してライフを奪う。対するスカルビジョップは儀式魔法・合成魔術を発動し、「ライカン・スロープ」を召喚する。

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覇王城に乗り込んだオブライエンはついに覇王十代とデュエルをする。覇王はターク・フィージョン発動し、ワイルドサイクロンを召喚。オブライエンは永続魔法ブレイズ・キャノン・トライデントを発動して対抗する。

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オブライエンとの戦いで元の姿に戻った十代だが、戦った影響などで高熱を出して倒れてしまう。看病するエドと亮は、同じくこの次元に飛ばされてきたクロノス教諭とエコーがモンスターに襲われているのを発見する。

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アモンは「封印されしエクゾディア」を解放すべく、手札補充の戦略でデュエルをする。対するエドはこれに気付き、手札を4枚しか持つことができない「フォースオブフォー」を発動するが、アモンも一歩も退かない。

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アモンに破れてエドも失った失意の十代は、ただヨハンを求めて前に進むことだけで精一杯となってしまう。そんな彼を見た亮は、ここで俺とデュエルをしろと強要。十代はやむなくデュエルを行うが…。

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十代が「融合」のカードを使えないことを知り、デュエルを挑んできたバオウ。「レベル包囲網-グラビティ・ゲイン-」を発動し、レベル4以下のモンスターが攻撃できないようにして十代を追い込む。

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亮はサイバー・ドラゴンの2連打を浴びせるが、対するヨハンもトラップカード「虹の行方」を発動し、攻撃を封じる。ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを特殊召喚して攻撃を行い、亮を追い込んでゆく。

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亮との戦いで力を消耗したヨハンは十代の前から姿を消してユベル城に戻るが、最上階の玉座にはエクゾディアを手に入れたアモンが待ち受けていた。自らが王であることを証明すべく、アモンはヨハンにデュエルを挑む。

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ヨハンは3幻魔を融合した究極の幻魔アーミタイルを召喚し、アモンのエクゾディアの召喚を封じる。だが、アモンは動ぜず、フィールド魔法「霧の王城」を発動させ、霧の王を召喚してアーミタイルを消滅させた。

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アモンを破って力を回復したヨハンの元にたどり着いた十代。ヨハンに取り付いたユベルからヨハンを救出すべく、「デュエルの力」を信じてデュエルディスクを展開し、ヨハン、ユベルとのデュエルが白熱する。

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ヨハンは究極宝玉神レインボー・ダーク・ドラゴンを召喚させ、ネオスを破壊した。窮地に立たされた十代だがピンチをしのいで反撃に転じる。そして十代は、宝玉獣たちからヨハンを救出する方法を教えられる。

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ヨハンを救出するため、「超融合のカード」を使いレインポー・ドラゴンとネオスを融合させたレインボー・ネオスを召喚させた十代。ヨハンの救出には成功したが、「超融合のカード」がユベルのものとなってしまう。

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ユベルは自分を場に召喚させた。ユベルへの攻撃は全て相手プレイヤーへのダメージとなり、十代を苦しめていた。そこで意を決した十代は、自分の中で死んだ「覇王十代」の心を蘇らせ、ユベルと対峙する。

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ヨハンから託された宝玉獣のカードを使いレインボー・ネオスを召喚した十代は、「レインボー・ヴェール」を装備させ、ユベルを攻撃。一方ユベルは第2形態になり、「デモンズ・ローズ」を発動させてダメージを防ぐ。

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デュエルアカデミアに戻ったのは万丈目、明日香、剣山、翔、吹雪、クロノス、オブライエン、ジム、ヨハンだった。1週間が過ぎたレッド寮の食堂には、戻らなかった十代、三沢、亮の写真が飾られていた。

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十代がデュエルアカデミアに戻って1カ月。ヨハン、オブライエン、アモン、ジムはそれぞれの学校に戻り、翔と万丈目とレイはブルー寮に移動し、新たな学園生活を始めたが、十代はレッド寮に引きこもったままだった。

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謎の生徒・藤原優介の存在を見破った十代。そんな彼も重大な決断をし、鮫島校長に退学届を提出するが、受け取れないと言う鮫島の指示である人物に会う。その人物とは影丸と斎王で、あることを十代に伝えるのだった。

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藤原優介から吹雪を助けたのはオブライエンだった。オブライエンはII社から新たな任務を受け、デュエルアカデミアに戻ってきた。そして十代は、ダークネスの謎を解くべく吹雪とデュエルを行う。

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藤原優介の正体は「カードの精霊オネスト」だった。対峙する十代は魂の中にいるユベルの力を使い、オネストの攻撃を阻む。十代が今起こっている世界の異変についてオネストに問うと、オネストは語り始めた。

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思い出作りとしてデュエルパーティーの開催を企画する剣山たち2年生。一方、明日香は進路のことで悩んでいる。アカデミアに残りキッズスクールの講師になるか、海外に留学するかで明日香は揺れていたのだ。

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ペアデュエルの決勝戦は十代・明日香ペア対剣山・レイのペア。明日香は戦略を練り、カードを伏せた。一方、レイは十代と明日香のペアの息が合っていないことを確認すると、意味ありげにカードを伏せるのだった。

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突然、鮫島校長を襲った者が現れた。その人物とは、サイバー流とほぼ同時にできた流派・サイコ流を操る男・猪爪誠。彼の目的は、サイコ流を主流流派にすること。そのため、サイバー流元師範の鮫島を倒したのだった。

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亮のデュエルを引き継ぐと宣言した翔は、亮のデッキを使って練習するがうまくいかない。そんな翔の前に十代が現れ、「そのデッキは亮と一緒に戦ってきたから、亮の物真似をする人間なんて見抜いてしまう」と告げた。

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兄たちの力を借りずにプロデュエリストを目指す万丈目だが、彼の手元に届くのは不採用通知ばかりだった。そんな万丈目の様子を見かねたクロノスは、彼を連れてある場所に向かう。そこは、エドのクルーザーだった。

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大事なカードを失ってプロを引退したエド。一方、万丈目はマイクと組むことで一躍スターの座を射止めた。そんな万丈目をエドの元秘書・エメラルダが訪ね、カードを盗んだ真犯人が誰かを告げる。

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剣山たちが作った卒業アルバムを見たクロノスは突然大声を出し、普段より厳しい授業を展開する。算数の授業をしたり、漢字の勉強をさせたり、腕立て伏せをさせたりし、ついには授業を休講にして逃げ回るのだった。

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ついにデュエルアカデミアで卒業デュエルが始まる。のんびり楽しもうと思っていた十代に、在校生が列をなして申し込んできた。そして十代は、ブルー寮でかなりの実力がある2年生の空野とデュエルをする。

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ミスターＴに対してオブライエンはヴォルカニック・エッジを召喚し、ライフを500奪う。一方、ミスターＴはダーク・アーキタイプを召喚させ、ヴォルカニック・エッジに攻撃することで新たなモンスターを召喚した。

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大量に出現したミスターＴに取り囲まれた十代。逃げ場を失った彼の前に斎王が現れる。ミスターＴから逃れた十代に対し、斎王は「ミスターＴの標的はデュエルアカデミアである」という重要な情報を伝えた。

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デッキが「愚者の種蒔き」によってカードを次々と削り取られ、絶体絶命の十代。そこへハネクリボーの声が届いて何とか応戦するも、ザ・ダーク・ルーラーの正位置の効果により、バトルフェイズ中2回も攻撃される。

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斎王との戦いを終え、デュエルアカデミアに行こうとする十代の前にミスターＴが出現。一方、デュエルアカデミアではミスターTの魔の手が伸び、空野の姿になったミスターTと剣山がデュエルを繰り広げていた。

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デュエルアカデミアでは、ミスターＴが乗っ取った空野が生徒たちを襲いダークネスの世界へと導いていた。学園に残ったのは吹雪と万丈目、明日香とジュンコとモモエだけとなるが、彼らもやがてミスターＴに襲われる。

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藤原優介がダークネスの正体だった。ダークネスの世界の素晴らしさを説く藤原だが、吹雪は反発。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を発動し、吹雪にネガティブエフェクトを与えるのだった。

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十代とヨハンはタッグを組んで藤原に立ち向かう。藤原はフィールド魔法「クリアー・ワールド」を展開し、ネガティブエフェクトを発動。さらにクリアーレイジゴーレムとクリアー・ファントムのコンボで攻撃してきた。

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十代、ヨハンに対し、藤原はヨハンの心の闇を利用し、十代とヨハンの固い絆を破壊しようとしたが失敗する。しかし、その絆により逆上した藤原は「属性重力アトリビュート・グラビティ」を発動するのだった。

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十代は藤原からダークネス引き離すことに成功したが、世界は皆既日食の闇に包まれたままだった。その闇の中から真のダークネスが現れ、「デュエリストの心の闇によりダークネスの世界が創られた」と十代に告げる。

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十代はネオスとユベルを融合させ、ネオス・ワイズマンを召喚させてダークネスを攻撃する。しかし、余裕の笑みを浮かべるダークネスはダークネス・アイを復活させ、「虚無と無限」のコンボを発動させた。

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十代は究極コンタクト融合を行うことでゴッド・ネオスを召喚させ、ダークネスに勝利した。世界は元に戻り、翔たちが十代に駆け寄る。そして卒業式を迎え、クロノスは涙が止まらずまともに司会ができなかった。

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遊城十代はハネクリボーの導きで武藤遊戯のいる世界に飛び、神のカードを持つ遊戯と真の卒業デュエルを行うことになる。それは、十代が3年間戦い続けたことにより失ったものを見つける戦いでもあり…。

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