ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2

サトシたちは、タチワキシティ行くことに。すると、なんとそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う！シロナは、カゴメタウンで開かれる「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」のエキシビションマッチに参加する予定だという。シロナと一緒にサザナミタウンへ向かう。その途中、とても珍しい“せんりつポケモン”メロエッタが目の前に現れる。

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サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した！どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。そして、別荘で待っていたのは、ヒカリと“ペンギンポケモン”ポッチャマ！ジュニアカップに向けて共に合宿をすることになったサトシたち！そこでデントはヒカリにバトルを挑む！

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サザナミタウン・シロナの別荘で、特訓に明け暮れるサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ行くことに。洞窟を探検中に、突然イワークに襲われる。なんとか逃げ切れたものの、サトシたちはアイリス・ヒカリとはぐれてしまった。一旦海岸へ戻ることにした道の途中で、たくさんのイワークが！！

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サトシたちは、少年クリスと出会う。クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったというのだ。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。デントはソムリエ探偵としての力を発揮して、森の中で怪しい足跡を発見。足跡をたどって、さらに森の奥へと進む。すると、目の前に鼻水を垂らしながら果物を食べている“とうけつポケモン”ツンベアーが！

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シロナの別荘で、朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。だが、その話を聞いたアイリスは「絶対にドラゴンタイプには悪い子はいない！」と、変電所へと駆け出してしまう。

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遂に「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」が開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができるのだ。第一回戦は、アイリスの“ドラゴンポケモン”カイリューＶＳドラゴンバスター・ラングレーの“とうけつポケモン”ツンベアーのバトル！カイリューは相性の悪いこおりタイプのツンベアーの攻撃を、なぜか真っ向から受けまくる！

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熱闘が続く「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリの“2ほんキバポケモン”マンムーと2回戦でバトル！1回戦でカイリューとのコンビネーションに大苦戦していたアイリス。今回のバトルもアイリスの思うようにはうまくいかず…！？

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遂に準決勝を迎えた「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここにきて、ようやくカイリューとの息も合ってきたアイリスは、バトルをしている感触をつかんだ自信を持ち、順調にわざを仕掛けていく！一方、ドラゴンタイプと相性が不利なワルビルは、カイリューのわざを大量に浴びたため大ピンチに！！

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「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」で優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル！万全の体制で挑むシューティー。対するアデクは、チャンピオンとして堂々とその全てを受け止めるのだった。そこには思いもよらない結果が待っていて…！？

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ジュニアカップの会場で出会った少年・コテツに付き合ってセイガイハジムへ行くことになったサトシたちだったが、道の途中で、サトシとコテツはデント・アイリスとはぐれてしまう！コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着！そこには水タイプジムらしい、湾の中に作られたフィールドが広がっていた。

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イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたちは、森の中でケンカをしている“ヒナわしポケモン”ワシボンと“おむつポケモン”バルチャイと出会う。するとそこにポケモン保育園の新米保育士レイラ先生が現れ、2体はいつもこの調子でケンカをしてしまうのだと嘆く。

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シロナの別荘で特訓中のサトシたち。その時突然、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年ラリーと“ゴーレムポケモン”ゴルーグが攻撃を仕掛けてきた！とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。と、その時！怪しげな監視メカを見つけたサトシたち！この場所も危険であることがわかり、メロエッタを守るため、大急ぎで別荘を出たが、なんと目の前に突如ロケット団のボス・サカキが現れ…！？

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イッシュ地方制圧計画「オペレーション・テンペスト」。ロケット団によって、海底の神殿に捕らわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。なんと、サカキはトルネロス・ボルトロス・ランドロス伝説の3体を使ってイッシュ地方を制圧しようと企んでいたのだった…。

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イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。森の中で、花園歌劇団のマヤと“スカーフポケモン”チラチーノ、ミズキと“はなかざりポケモン”ドレディア、シオンと“ブーケポケモン”ロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。マヤは、エモンガ、さらにはツタージャをも「ぶちゃいく！」とののしり、アイリスはカンカンに！！

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旅を続けるサトシたち。突然、“ゆうもうポケモン”ウォーグルと“もぐらポケモン”モグリュー、そのトレーナーの、ソラン＆リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた！！「ドリルウィング」、「ほーるバード」、「つばめクロー」など、誰も見たことのない、コンビネーション抜群の合体技を繰り出す2体！対するケンホロウとヤナップも負けじと合体技で応戦！果たして、結果は…？

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サトシたちは旅の途中、アイリスの故郷、竜の里に立ち寄ることに。再会したショウブが育てている“らんぼうポケモン”ジヘッド2体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんの方は今日はなぜか元気がないという…。すると、お兄さんのジヘッドが“きょうぼうポケモン”サザンドラへ進化！だが、サザンドラは自分の進化に驚き、突然暴れ始めてしまう！

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ソウリュウシティに到着し、ジムリーダー・シャガとバトルをすることになったアイリスは気合十分。アイリスは心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、気持ちを奮い立たせる。今度こそ、2人のコンビネーションで勝つ！アイリスは全力でシャガに立ち向かう！

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サトシたちは、岩でふさがれている道を無理矢理通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、青年バージルと“たいようポケモン”エーフィに助けられる。バージルは、父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。バージルのチーム名は「チーム・イーブイ」。イーブイとその進化形7体と共に活動をしているのだ。

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遂にイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。無事に大会へのエントリーを済ませ、各々の宿舎へ戻ろうと歩いていると、今度こそ遅刻しないようにと、コテツとリオルが3日も前から待機していたのだったが、実はまだエントリーしていないのだという。驚いたサトシはコテツを連れて、受付終了のアナウンスが流れる中、急いでエントリー受付へ！

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大激戦が続くイッシュリーグ予備戦、サトシのピカチュウＶＳシューティーのジャローダのバトル！ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、大ピンチのピカチュウ。10万ボルトで必死に応戦するも、ジャローダには秘策が…！？

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イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウが気づく…キバゴがいない！！なんとキバゴは、漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまったのだ！！アイリスは必死にキバゴを探す。そんな中、ミジュマルは箱いっぱいに入った果物を路地裏で見つけ、それを全部平らげてしまう。

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白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会！2回戦を勝ち進んだサトシは、遂に3回戦へと駒を進めた。迎える3回戦の相手は、なんとケニヤン！ドンバトルや願いの鐘バトル、ドンナマイト…、あらゆる大会で共に戦ってきたケニヤンとサトシ。お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、わざを互いに予想し、バトルに挑む！！

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4回戦に進んだサトシは、コテツと6対6のフルバトル！！サトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む！パワーのあるサザンドラに正確にわざを当てにいくガントル！果たして…！？

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サトシとコテツの4回戦は混戦を極めていた！なんと！コテツの相棒・リオルが“はどうポケモン”ルカリオに進化した！ルカリオのわざは格段にパワーアップ！さらに新技を覚えていて、サトシとツタージャを追い込むが…！？

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イッシュリーグを終えたサトシたちは、カノコタウンのアララギ博士の元へ向かっていた。そんな道の途中で出会った新人トレーナー・ノノミ。とっても慎重な性格で、石橋を渡ることさえもためらって、道の真ん中でオドオドしていた。サトシたちはノノミを励まして、研究所へ向かう。

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カノコタウンから船で旅立ったサトシたち。伝説と呼ばれしポケモン・レシラムにまつわる場所、「白の遺跡」を目指して…。ヒオウギシティに向かう船旅の途中、ポケモンの心の声が聞こえると言う不思議な青年・Ｎ（エヌ）と出会ったサトシたち。ポケモンの事を「トモダチ」と呼び、ポケモンにバトルをさせるのは嫌いだときっぱり言い切る。

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新しくジムが開設されたというヒオウギシティに到着したサトシたち。ジムリーダー・チェレンの元へ向かった先には、なぜか学校が…。そんな中、サトシたちのもとを離れ、放送室の機材で遊ぶキバゴ。学校中に響く大音量で音を出したことが原因で、ポケモンハウスにいたポケモンたちが驚いて逃げ出してしまった！

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サンギタウンにやってきたサトシたち。突然、目つきのおかしい“きのこポケモン”モロバレルたちから襲われてしまった！どうやら最近山のポケモンたちが頻繁に暴れているらしい。さらに、町の天文台に怪しい人々がいることを聞き、早速向かうことに。

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サンギ牧場にやってきたサトシたちは、少女エリーと、“ライトポケモン”デンリュウ、“わたげポケモン”メリープたちと出会う。普段デンリュウはメリープの群れをまとめる仕事をしているのだが、これがなかなか言うことを聞いてくれないという。「かみなりパンチ」を習得すればデンリュウを認めてもらえるはずだと、エリーは奮起していたのだった。

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“ゆうもうポケモン”ウォーグルを運んでいるプラズマ団団員たち。だがそこに、弱るウォーグルを運び出すために、トラックに飛び込むＮの姿が…！プラズマ団員は、“ネコイタチポケモン”ザングースと“キバへびポケモン”ハブネークでＮに襲い掛かる！背中を切り付けられたＮは崖下に転落してしまう！！

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タチワキシティに到着したサトシたち。遠くで煙が上がっていたので行って見ると、ポケモン湾岸救助隊の、“しゅぎょうポケモン”フタチマル、“ふゆうポケモン”プルリル、“けいかいポケモン”ミルホッグ、救助隊隊長のヒロトが非常時の訓練を行っていた。そんな中、ミルホッグは、もっと自分も役に立ちたいと、監視係以外の仕事を熱望するのだった。

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カントー地方を紹介する「カントーフェア」にやってきたサトシたち。特設ステージでは、“とかげポケモン”ヒトカゲが元気にご挨拶をしている。サトシは自分の“かえんポケモン”リザードンのことを思い出す。かつて、一緒に旅をして、最強のパートナーとして大活躍をしたリザードン…。久しぶりにリザードンに会いたいと思ったサトシは、オーキド博士に転送をお願いすることに。

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サトシたちとＮはとある街を訪れる。その街では、プラズマ団が科学者アクロマを筆頭に怪しげなマシンを使って、ポケモンを操る実験をしていた。マシンの光線をあびた一体の“あごオノポケモン”オノノクスが暴走を始め、街が一時封鎖される大騒ぎに！

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霧が晴れると、そこにはヘレナ、バーベナという女性と、“ほうようポケモン”サーナイト、“てんたいポケモン”ゴチルゼルが現れた。泉に浸されるＮ。すると、体に光をまといみるみる傷が癒えていく…！この場所は、Ｎたちの隠れ家で、人間に傷つけられたポケモンたちの傷を癒しているのだという。

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プラズマ団のアジトで不敵な笑みを浮かべ対峙する、科学者アクロマとロケット団のニャース…。ニャースはアクロマの研究者としての力をロケット団のために使わないか？と言葉巧みに誘う。アクロマも、ニャースの有機素体としての潜在能力を引き出したいと応える。

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サトシたちは、リュウラセンの塔の前までたどり着いた。そこへ、アララギ博士の父が遂に、伝説と呼ばれしポケモン・レシラムが姿を変えたといわれる「ライトストーン」の在処を突き止めたのだという。白の遺跡に到着したサトシたちはアララギ博士の父とともに、早速遺跡の内部へ…。

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遺跡の底で、ポケモンに対する思いを互いにぶつけ合うＮとサトシ。そんな中、Ｎは、遺跡の外で聞こえていたポケモンの声が聞こえなくなった、と焦る。一刻も早く遺跡の外に行かなければ！一方、外では博士、アイリス、デントはプラズマ団に捕まってしまった。

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遂に伝説と呼ばれしポケモン・レシラムは復活してしまった！表情は怒りに満ちている…。さらにゲーチスは早速アクロマに指示を出し、レシラムをコントロールすることに成功。Ｎの必死の叫びも虚しく、レシラムは闇雲にクロスフレイムを放ちまくる！混乱の中、またもアクロマに狙われたピカチュウ！そこに立ちはだかったのはロケット団のニャース！国際警察のハンサムとロケット団の作戦とは！？

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プラズマ団との死闘を終えたサトシたち。アララギ博士の研究所で一休みをし、カントー地方・マサラタウンへ帰還を決めたサトシだった。そこでアイリスはドラゴンマスターへの道を極めるために、デントはポケモンソムリエとしての見聞を広めるために、サトシとともにカントー地方へ向かうことを決めた！

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デコロラ諸島を旅するサトシたちは、ハニー島へ到着。“はちのこポケモン”ミツハニーが集める甘いみつ「ハニーミツ」を使った食べ物が有名だ。船着場で上陸記念のくじ引きを引いたサトシに、特別賞「ハニーミツを使った151種類のお菓子食べ放題」が大当たり！観光局のガイド3人と共に、早速ハニーミツお菓子工場へ向かう…が、それはなんとロケット団！

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船上のバトル大会「マリンカップトーナメント」に出場するサトシたち。大会終了後には有名な宝石コレクター・リップルのコレクションが披露されるという。デントは、チョロネコを連れたあの人か！？と恐怖に慄く！そのチョロネコはというと、リップルの大切にしている宝石「レパルダスの瞳」に嫉妬をしているというのだ。

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「ホタチキング決定戦」が行われるホタチ島に到着したサトシたち。早速会場へ足を運んでみると、お祭りの会場が広がっている。そこにはたくさんのミジュマルやフタチマルの姿が！ホタチキングの栄冠に輝いた者は、金のホタチをプレゼント＆女の子部門で優勝したミジュカちゃんのパートナーになれるという！ミジュマルはミジュカに一目ぼれ！全力で優勝を狙うミジュマル！

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サトシたちは、数十年前に巨大ポケモンの噂がマホラ本島であったという手がかりを掴み、早速噂の離れ小島へ行くことに。そこには大きな“アリクイポケモン”クイタランが！！さらに、クイタランの攻撃で森が炎に包まれ、森のポケモンたちも逃げ出した拍子に、“きのこポケモン”タマゲタケのきのこのほうしがキバゴに直撃！治療をすべく、古びたポケモンセンターで治療をお願いするが、そこは違法のポケモンセンターで…！？

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サトシたちは、ポケモン研究の第一人者であるオーキド博士と合流するため、“プラズマポケモン”ロトムが多く生息していることで有名なムトロ島へ向かった。博士は「ロトムのフォルムチェンジ」に関する論文を書くために、この島を訪れていた。アイリスもエモンガと一緒にお手伝い！するとロトムたちはフォルムチェンジをし、姿を変えた！

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デコロラ汽船の食糧庫から高級な食料を奪おうとしているロケット団。そこへ“おおあごポケモン”アリゲイツと“ふんしゃポケモン”オクタン、“みずうさぎポケモン”マリルリがやってきて、食料を横取りしてしまった！

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ワタリ島にやってきたサトシたちは、“さなぎポケモン”トランセルの群れが“ちょうちょポケモン”バタフリーに進化する瞬間に立ち会う。こ感動するサトシたちの目の前に現れたのは、一体の“いもむしポケモン”キャタピー。群れの進化に乗り遅れた様子だ。サトシは、昔一緒に旅をした自分のキャタピーを思い出し、進化のお手伝いをしたいと申し出る。

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デコロラ諸島の中で一番大きなオオキナ島に到着したサトシたち。そこで“つちへびポケモン”ノコッチに遭遇！サトシは早速ゲットしようとバトルを挑むも、いやなおとの攻撃を受けた拍子にサトシはアイリスの頭の花飾りを踏んで壊してしまった。

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オオキナ島で旅を続けるサトシたち。とある夜、1000年に7日間だけ目覚めるという“ねがいごとポケモン”ジラーチに出会うが、サトシたちに驚いたジラーチはその場を去ってしまった。そこへやってきたのは、少女ホリー。ホリーはジラーチにどうしても叶えてほしい願い事があるのだという。

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ポケモンセンターでオオキナ島での最後の夜を明かしたサトシたち。翌朝、デントもアイリスもキバゴも、顔が“ブレインポケモン”オーベムになっているではないか！さらには、ピカチュウもオーベム顔に！ビックリ仰天のサトシは、ジョーイさんとタブンネのもとへ助けを求めに走った！

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ミノリ島（とう）に到着したサトシたちは、道の途中でポケモンルポライターのパンジーという女性と出会う。パンジーは“ライドポケモン”ゴーゴート、“はつでんポケモン”エリキテルとともに、カロス地方から取材のためにやってきたのだった。取材へ向かうパンジーについていくと、祝賀祭が行われていた。

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ヤシ島（とう）に到着したサトシたちは、パンジーから“ポケモンにまつわる伝説のお宝”が近くの無人島に隠されていると聞く。ポケモンルポライターであるパンジーが、以前に海賊博物館に取材に行った際に見つけた「お宝の隠された暗号」を頼りに、無人島にたどり着いたサトシたちは、謎を解きながら宝探しを進めていく。

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サトシたちは、洞窟に住むポケモンたちに会うため、洞窟島（とう）に降り立った。そこで偶然、イブキとの再会を果たす。イブキはこの島に「色ちがいのクリムガン」をゲットしに来たのだが、途中でカイリューとはぐれてしまったという。

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デコロラ諸島のとある島に到着したサトシたちは、10数年に一度観測できるという美しいほうき星“ウッデート彗星”を観測するためにパンジーと共に山の頂上へ向かうことに。頂上にたどり着いたサトシたちは、この島の勇者と讃えられたウッデートがバトルを繰り広げていたバトルフィールドの遺跡を発見する。

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サトシたちはパンジーとともに、とある島のポケモンセンターを訪れていた。取材の記事をまとめるパンジーにかわり、ゴーゴートの様子をみることに。そんな中、ゴーゴートのところにこの島の少年・トニーが現われる。角に触れたトニーの思いを感じとったゴーゴートはトニーの思いを感じとり、彼を背中に乗せ、どこかへ行ってしまう。

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草原でのんびりとピクニックをしながら過ごしていたサトシたち。そんな中、アイリスのちょっとした誤解でエモンガがこっぴどく怒られてしまう。ふてくされながら滑空をしていると、ロケット団に遭遇。ポケモンバトルになるが、エモンガは「メロメロ」などを使って1体で勝ってしまう。

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ガンリュウ島に到着したサトシたち。そこに現れたユキノオーに、ヤナップはデントと拾いにいった木の実を分けてあげようと近づく。すると突然攻撃を受けてしまう。ちょうどそのとき、デントの兄弟ポッド・コーンが合流し、このユキノオーのトレーナーであるドラゴが、自分たちがジムリーダーを務めるサンヨウジムの道場破りであることを聞く。

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デコロラ諸島を巡る船旅もいよいよ終わりに近づいていた。サトシたちがカントーに到着する前に、なんとしてもピカチュウ達をゲットしようと目論んでいたロケット団。なんと、巨大バルーンで海をゆく客船を空中に浮かばせ、船内は大混乱。ロケット団はいつものようにサトシたちのポケモンを奪いにかかってくるのだが、添乗員のパーカーさんまでもがサトシたちの邪魔をしてきた。

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デコロラ諸島を巡る旅は、ついにカントー地方・クチバシティに到着したことで終わりを告げた。同時に、アイリス・デントとの別れでもあった。3人はそれぞれの夢に向かって旅立っていった。サトシはパンジーと共に、マサラタウンへ帰ってきた。オーキド研究所で久々にイッシュ地方の仲間たちと顔を合わせたサトシが冒険を振り返っていると、またもロケット団がピカチュウや研究所のポケモンたちを狙って襲いかかってきた。

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サトシ・アイリスと別れ、ヤナップと共にジョウト地方へとやってきていたデントは、とある湖で釣りをしていた。するとギャラドスが釣り上げられ、早速ゲットを試みるものの、バトルに負けてしまう。ギャラドスのかえんほうしゃでダメージを負ったヤナップを回復させるためにポケモンセンターへ向かい、そこでタケシと出会う。

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サトシ・デントと別れ、キバゴと共にフスベタウンにやってきたアイリス。目的はフスベジムのイブキとのポケモンバトル。街に到着すると“りくザメポケモン”フカマルがキバゴに噛みついてくるハプニングに巻き込まれながらも、フカマルと気持ちが通じ合うことができ、仲良しになる。その後イブキとの再会も果たし、いよいよフスベジムへ。アイリスのカイリューVSイブキのクリムガン。激戦必至のバトルがついに始まる！

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