「宿敵サイロン帝国との戦いに敗れた人類は、宇宙空母ギャラクチカを中心に、220隻の艦隊を組み、12惑星から脱出した。その目指すところは、伝説の惑星“地球”。しかし、人類抹殺を謀るサイロン帝国との死闘は、なおも続く」――オープニング・ナレーションより
はるか遠い銀河系で12もの植民惑星で繁栄を謳歌していた人類は、機械人間サイロンとの長きに渡る戦争に終止符を打とうとしていた。サイロンという生物がはるか昔に作った機械人間は、産みの親であるサイロンが死滅した後も活動し、今ではその機械人間が「サイロン」と呼ばれているのだが、彼らサイロンの方から人類に対し休戦協定の申し出があったのだ。12惑星評議会の全代表、そして大統領を乗せた旗艦・宇宙空母“アトランティア”に率いられた艦隊は休戦会議場へ向かった。しかし、この休戦協定を仲介したバルターは、12惑星評議会のメンバーでありながら実は人類を支配しようという野心を持つ裏切り者であり、サイロンに味方し彼らの待ち伏せ計画を助けていたのだった。

サイロンの奇襲攻撃を受けた艦隊は、アダマ司令官率いる宇宙空母“ギャラクチカ”を除いて全滅、“アトランティア”も破壊され大統領が死亡してしまう。さらに12の植民惑星もサイロンの攻撃で壊滅的な打撃を受けた。かろうじて生き残った数少ない人類は、植民惑星を脱出し、ギャラクチカのもとでわずか220隻から成る艦隊を結成、サイロンの追撃を逃れる。
行くあてもなく憔悴する生存者達に、アダマ司令官がある秘密を明らかにする。古文書によると、正確な位置は分からないものの、はるか宇宙の彼方に「13番目の植民惑星」が存在するというのだ。その名は「地球」。彼らの生き残るための唯一の望みがこの星なのだ。かくして人類は、伝説の惑星「地球」を目指すこととなった。

しかしサイロンと裏切り者バルターが、人類を殲滅すべく様々な罠を仕掛け、追っ手を放ってくる。アダマの息子でパイロットのアポロ大尉は、無鉄砲で女たらしだがパイロットとしての腕前は抜群という同僚のスターバック中尉とともに、サイロンの攻撃から艦隊を、生き残った人類を守るべく、今日も戦闘機“ヴァイパー”で出撃するのだ!