第48話「手さぐりの脱出」　In the Dark

失踪者は目の不自由な少女ケリーと彼女の歩行訓練士ルイーザ。深夜のキャンプ場で歩行訓練中、2人は何者かに連れ去られた。早速捜査を開始したビビアンたちだが、ジャックの抜けた穴を意識せざるをえない。一方ジャックは、これまでの仕事を手放し家族を優先したものの、離婚が決定的となっていた。親権を手に入れるためには元のポストが必要であることを知ったジャックは、TVで失踪事件のことを知るのだが…。

ゲスト：　ティモシー・バスフィールド「ザ・ホワイトハウス」
脚本：　ハンク・スタインバーグ
監督：　ポール・ホラハン

♪サーティーン・センスズ "Do No Wrong"

第49話「生命の重さ」　Thou Shalt Not

失踪者は火傷治療の看護師助手モーリーン。捜査を進めるビビアンたちは、ほとんどの人が半年で辞めてしまうような厳しい火傷治療の現場で、何かに突き動かされるように働いていたモーリーンの姿を知る。捜査を進めるにつれ、次第に浮かび上がる彼女の謎の行動。そして、彼女の息子のガールフレンドの証言をきっかけに、ビビアンたちはモーリーンとその家族の隠された過去を知ることとなる。

脚本：　ジェニファー・レヴィン
監督：　ランドール・ジスク

♪レナード・スキナード "Sweet Home Alabama"

第50話「光の記憶」　Light Years

失踪者はエックス線技師のテディ・コータ。エイリアン関連の品々であふれた彼の部屋を手始めに、ジャックたちは失踪者の情報を集めていく。エイリアンに誘拐され実験台にされた話、「メン・イン・ブラック」に追われているという話。テディが信じていたそれらの世界で、ジャックたちは虚構に埋もれていた真実を次第に明らかにし、彼の交通事故が事件の鍵を握っていることを知る。

ゲスト：　デヴィッド・エイゲンバーグ「SEX AND THE CITY」、 ティモシー・バスフィールド「ザ・ホワイトハウス」、ナヴィ・ラワト「The OC」
脚本：　グレッグ・ウォーカー
監督：　クレイグ・ジスク

第51話「空白の事実」　Upstairs Downstairs

失踪者はピアース家の生後間もない一人娘ニッキー、そして家の物を盗んだという理由で解雇されたベビーシッターのジューン。フィリピン系のジューンによる金目当ての誘拐という先入観が持たれる中、冷静に捜査を進めるジャックたち。しかし、ピアース家での彼女の言動を知るにつれ、彼女が加害者である疑いを強めざるをえない。そんな中、彼女の解雇には隠された理由があることをジャックたちは知るのだが…。

ゲスト：　チャド・ロウ
脚本：　ハンク・スタインバーグ
監督：　ティモシー・バスフィールド「ザ･ホワイトハウス」

第52話「リネットの場合」　American Goddess

失踪者は美容整形によってレストランの帳簿係から一躍セレブとなったリネット。彼女を生まれ変わらせた美容整形番組「アメリカン・クイーン」のイベント中に姿を消した。彼女の行方を追うジャックたちは、外見を変えても消すことのできないコンプレックスに苛まれていた彼女の苦悩を知る。そんな中、リネットと同時期にうつ病で入院していた男の存在が捜査線上に浮かび上がる。

ゲスト：　エリザベス・バークリー「ショーガール」、 クリスティン・ローズ「HEROES／ヒーローズ」
脚本：　マリア・マゲッティ
監督：　トニー・ゴールドウィン「ゴースト」

第53話「母と子の明日（前編）」　Nickel and Dimed (1)

失踪者はシングルマザーのコリーン。ベビーシッターに3歳の息子ジェイクを預けたまま忽然と姿を消した。捜査を開始したジャックたちは、時給7ドルで働きながら必死の思いでジェイクを育てていた彼女の姿を知る。息子ジェイクの聴覚に障害があるにもかかわらず、低所得の仕事にしか就けず、養育費も国からの援助ももらえない彼女。切実にお金を欲していた彼女のとった行動が、捜査の中で次第に浮かび上がる。

脚本：　デヴィッド・アマン
監督：　マーサ・ミッチェル

第54話「母と子の明日（後編）」　Nickel and Dimed (2)

コリーンがジョン・バーという男の麻薬を運んでいたことが明らかになった。彼女の行方をつかむため潜入捜査を開始したサマンサ。コリーンのモーテルに住み、ジョン・バーが出入りしていると思われる職場で働きながら、彼との接触の機会を待つ。低所得の仕事でぎりぎりの生活をする人々の中で、潜入捜査を続けるサマンサ。そんな中、ジョン・バーは大きな組織の末端にすぎないことがわかり、潜入捜査は次第に危険なものになっていく。

脚本：　ジャン・ナッシュ
監督：　ジョン・F・ショーウォルター

第55話「双子の兄弟�U」　Doppelgenger II

一卵性双生児の兄弟リックとグレッグ。弟グレッグが連続殺人の容疑で逮捕されてから5ヵ月が経っていた。グレッグの自首で打ち切りとなった捜査だが、兄リックの犯行であることをジャックたちは確信していた。そんな中、グレッグの勤めていたホームレス救済センターでまたもや女性が失踪した。今度こそ犯行を裏付ける証拠を得ようとするジャックたち。他者の犯行を偽装するリックとの駆け引きが再び始まる。

★第42話「双子の兄弟」のリックとグレッグが再登場。

ゲスト：　トニー・ゴールドウィン「ゴースト」
脚本：　ハンク・スタインバーグ
監督：　ティモシー・バスフィールド「ザ･ホワイトハウス」

第56話「陪審員の過去」　Trials

失踪者は72歳の男性ピーター。殺人事件の陪審員をしていたピーターの失踪。それによって殺人事件の審理は無効になる可能性が出てきていた。早速関係者たちから情報を集めたジャックたちは、ピーターが謎の遺言状を残していたことを知る。遺言状に隠されたピーターの過去。意外な方向へ向かっていく失踪事件。ピーターの行方を知る鍵は、第二次世界大戦中に盗まれた絵画にまつわる話にまでさかのぼる。

ジャック・コールマン「HEROES／ヒーローズ」
脚本：　デヴィッド・Ｈ・グッドマン
監督：　デヴィッド・フォン・アンケン

♪ベートーヴェン "Moonlight Sonata"

第57話「ジャックの長い一日」　Malone v. Malone

クリスマス。これといった事件もなく、パーティーの準備をするビビアン以下捜査官たち。そんな中、親権を巡りマリアと対立するジャックは、FBIの一室で彼女の弁護士スコッギンズから宣誓供述書を作成するための質問を受けていた。質問の中で、次第に甦る数々の過去の事件。その裏で苦しんでいたジャックの姿。そしてスコッギンズの質問は、ジャックの最も触れられなくない過去、母親の自殺の話にまで及ぶこととなる。

ゲスト：　マーティン・ランドー（エミー賞客演男優賞ノミネート）、ティモシー・バスフィールド
脚本：　ハンク・スタインバーグ
監督：　ハンク・スタインバーグ

♪ジョン・レノン "Happy Christmas (War is Over)"

第58話「16歳の誤算」　4.0

失踪者は女子高生のタラ。成績優秀でハーバード大学進学を目指していた彼女が忽然と姿を消した。捜査を開始したジャックたちは失踪前の彼女の行動を次第に明らかにしていく。ドラッグ。既婚者との不倫疑惑。レポート代筆による小遣い稼ぎ。そして、それらの行動の原因が彼女の妊娠であることを知ったジャックたち。タラが取り返しのつかない行動に出る前に、なんとか彼女を見つけだそうとするのだが…。

ゲスト：　ジーア・カリデス（アンソニー・ラパリアの実妻）
脚本：　ジェニファー・レヴィン
監督：　ケン・コリンズ

♪ジョニー・ミッチェル "Little Green"

第59話「模範囚の手紙」　Penitence

失踪者は受刑者のマカボイ。誰もが彼は脱獄して逃げたのだと考える中、彼の姉ローラだけが失踪だと主張する。彼女の言葉に疑いを持ちながらも刑務所内での捜査を開始したジャックたち。なかなか事実を話そうとしない受刑者たちとの駆け引きの中で、ギャングの幹部であったマカボイの姿が少しずつ浮かび上がってくる。そんな中、マカボイと共に脱獄した男が発見される。彼からマカボイの行方を聞き出すジャックたち。しかしそれは、彼らの思いもよらない場所だった。

脚本：　アリソン・アブナー
監督：　スコット・ホワイト

第60話「僕の好きな場所」　Volcano

失踪者は自閉症の少年イアン。弟エリオットと父親ダニエルの付き添いで自然史博物館にいた彼が、パニックを起こし行方不明となった。ジャックたちの捜査によって関係者のアリバイが次々と成立する中、唯一明らかにされないダニエルの不審な行動。その上、忍耐強くイアンの面倒を見てきた彼が最近態度を急変させたとの情報もある。イアンの行方を知るため、ジャックたちは失踪者の父親であるダニエルを疑い始めるのだが…。

脚本：　グレッグ・ウォーカー
監督：　ジョン・Ｆ・ショーウォルター

♪アイロン & ワイン "Each Coming Night"

第61話「家族の日々」　Neither Rain Nor Sleet

失踪者は収入のほとんどを費やして多くの里子を育ててきた郵便局員ロージー。早速捜査を開始したジャックたちは、社会福祉局に匿名の通報があったことを知る。それは、彼女が里子たちを虐待しているとの通報。一方で里子たちは、彼女が自分を犠牲にしてでも子供を守る特別な里親だと主張。ジャックたちが困惑を深める中、里子の1人がある不審なDVDの存在を口にする。早速アパートから発見されたそのDVDの中身は児童ポルノであった。

脚本：　ジャン・ナッシュ
監督：　ティモシー・バスフィールド

第62話「10万ドルの価値」　Party Girl

失踪者は若くして5億ドルの遺産を相続したチェルシー。リッチで美人でセレブ。マスコミがもてはやし、今や時の人となった彼女の突然の失踪。ジャックたちは、プロによる誘拐の可能性も視野に入れ捜査を開始する。そんな中、犯人の撮影したと思われるチェルシーの映像がネット上で公開された。映像の中の彼女は「自分に生きる価値はない」と自身の派手な生活を卑下する。そして、彼女の処刑の是非を投票によって決めるサイトまでが立ち上げられた。

脚本：　アマンダ・シーゲル・マークス
監督：　ロブ・ベイリー

♪フランツ・フェルディナンド "This Fire"

第63話「マイクとブライアン」　Manhunt

失踪者は12歳の少年マイク。母親リンが目を離したスキにある男によって連れ去られた。早速捜査を開始したジャックたちは、友達も少なく父親ポールの不在で寂しさを感じていたマイクの姿を知る。そんな中浮かび上がってきたストーンという男の存在。彼はマイクの叔父を名乗り、数ヶ月前からマイクと親しくしていた。その男に見覚えはないというリンとポール。ストーンの行方を探るジャックたちは、彼が自分の息子を亡くしてしまった教師であることを知る。

ゲスト：　ディラン・ベイカー「ハピネス」
脚本：　デヴィッド・アマン
監督：　ジャノット・ツワーク

第64話「孤独な闘い」　Lone Star

失踪者は不動産業者のランス。2年間で大量の物件をさばいていたやり手だが、彼の商売にはある秘密があった。ジャックたちの捜査によって浮かび上がるランスとマフィアのつながり。資金洗浄、人身売買、少女売春。彼の裏の顔が次々と明らかにされる。そんな中、ランスの名前で申請された銃を携帯した女性が空港で足止めされた。早速取り調べにあたったジャックたちに、彼女はランスが潜入捜査官であると告げるのだが…。

脚本：　デヴィッド・モンガン
監督：　ポール・ホラハン

第65話「主よ　導きたまえ」　Transitions

失踪者は銀行員のステファニー。早速捜査を開始したジャックたちは、この3年間で彼女が4回の転職を繰り返していたことを知る。転職先は銀行ばかり。そのたびに引っ越しをし、別人のように外見を変えていた彼女。ジャックたちは横領の疑いを視野に入れ捜査を続ける。そんな中、彼女のボーイフレンドから意外な情報を得たジャックたち。彼女が性別適合手術を受けており、以前はスティーブンという男性だったことを知るのだが…。

脚本：　デヴィッド・Ｈ・グッドマン
監督：　ティモシー・バスフィールド

第66話「占い師アグネス」　Second Sight

占い師のアグネスが行方不明になる。同僚のレベッカによれば、1週間ほど前に、ある男性客とトラブルを抱えているとアグネスから相談を受けたという。恨みを抱いた客による犯行の可能性が高まる中、アグネスのアパートでの聞き込みから、彼女が階段から転げ落ち病院に搬送されたこと、また治療に当たった医師から、アグネスが遺伝性の神経変性疾患、ハンチントン病を患っているかもしれないことがわかる。そんな中、店のゴミ箱から「L・C」とイニシャルの彫られたローソクが発見され…。

脚本：　ジャン・ナッシュ
監督：　ジェフ・トーマス

第67話「小さな町の悪夢」　The Bogie Man

ある小さな町で13歳の少女デイジーが行方不明になる。この町では7年前にもアンバーという13歳の少女が暴行され殺されるという事件が起きており、交際相手だったカーティスが有力な容疑者と見なされていた。結局不起訴処分になったが、このデイジーの事件でも第一容疑者として名前が挙がる。早速取り調べをするジャックたちだが、カーティスは事件との関わりを否定。やがて聞き込みにより、デイジーが最近急にグレ始めたこと、そしてアンバーの事件に強い興味を示し、アンバーの父親に事件のことをしつこく訊いていたことがわかる。

脚本：　ジェニファー・レヴィン
監督：　ロブ・ベイリー

第68話「兄と弟の人生」　Off the Tracks

ダニーの兄ラフィエルが行方不明になる。婚約者シルビアの話によれば、ラフィエルは仮出所になってからは、シルビアの兄ネルソンの整備工場でまじめに働く生活を送り、自分の整備工場を持とうとして中小企業庁から1万ドルの融資を受けていたという。ところが中小企業庁の担当者から、融資は服役経験があることによって却下されていたこと、またネルソンから、素行の悪かった元従業員ルイスと失踪前日に連絡を取っていたらしいことがわかる。そんな中、駐車場に放置されていたルイスの車から大量の覚せい剤が発見される。そこからはラフィエルの指紋が検出され…。

脚本：　グレッグ・ウォーカー
監督：　ジョン・ショーウォルター

第69話「ジャックの孤独な朝」　John Michaels

71歳のジョン・マイケルズが行方不明になる。同じアパートに住む少年によれば、ジョンは買い物袋を持ったまま屋上へやって来て、飛び降りようとしていたのだが、下の通りにいた2人の男を見て急に思い留まり、その男たちと共に車に乗り込んだという。早速聞き込みを始めるジャックたち。しかし有力な情報はひとつもなく、それどころか、近所に誰もジョンを知る人がいないことがわかる。そこに、クレジットカードの履歴から、ジョンがニュージャージーのストリップクラブで何千ドルも使っているという情報が入る。その店を訪ねたジャックは、ストリッパーとして働くジョンの娘ヘレンを発見する。

ゲスト：　マーティン・ランドー
脚本：　ハンク・スタインバーグ
監督：　ハンク・スタインバーグ

♪デヴィッド・ボウイ "Space Oddity" / Pop "Yellow Butter Sunshine"

第70話「暗殺者の素顔」　Endgame

ペイジ・ホブソンという女性が行方不明になる。ペイジはグリーンピースなどに所属し、地球環境や世界平和について真剣に考える正義感の強い女性だった。同僚から、行方不明になる直前にニューヨーク市警のボウマンと名乗る刑事がペイジを訪ねてきていたことを知るジャックたちだが、やがてそんな名前の刑事は市警にいないことがわかる。さらに、ルームメイトからペイジが妊娠中の女子高生の面倒を見ていたこと、そして赤ちゃんのためにと5万ドルもの現金を手渡していたことが明らかになる。そこから、ペイジには偽名で開いた銀行口座があることが判明し…。 （シーズン3最終回）

ゲスト：　アンナ・ベルナップ「ＣＳＩ：ＮＹ」
脚本：　デヴィッド・アマン
監督：　ジャノット・ツワーク