第77話「時間冷戦　パート1」

（最終第4シーズンスタート）STORM FRONT, PART 1

ズィンディ兵器の爆発に巻き込まれ死亡したと思われたアーチャーだったがなぜか地球に飛ばされていた。しかも目覚めたのは何とナチスの医療テントであり、兵士の一人は赤い眼をした異星人であった。アーチャーはドイツ軍に連行されるが、途中レジスタンスに襲われ彼らに捕らえられる。

第78話「時間冷戦　パート2」

STORM FRONT, PART 2

アーチャーが飛ばされた場所は、時間協定を無視し歴史を変えようとする時間エージェント、ヴォスクにより第二次大戦時の歴史を変えられたアメリカであり、ナチスの侵攻を受けていた。ヴォスクは29世紀の未来に帰るためタイムマシンを製造していたが20世紀の技術しか使えないため困難を極めており、エンタープライズと取引をしようと考える。

第79話「ヒーローたちの帰還」

HOME

遂に元いた地球へと帰還したエンタープライズ号。クルーたちはヒーローとして人々から大歓迎を受ける。しかし本当に彼らを待ち受けていたのは、エンタープライズ号の、未知なる宇宙への調査飛行が結果として地球攻撃を招いてしまったという重い現実であった。

第80話「ボーダーランド」

RBORDERLAND

クリンゴンの宇宙船バード・オブ・プレイが優生人類たちに襲われる。アーチャーは戦争勃発の危機を回避すべく、優生人類の育ての親で現在拘束されているスン博士を連れて、クリンゴンとオリオンが対立するボーダーランドへと向かう。

ゲスト：ブレント・スパイナー（「新スタートレック」）

第81話「コールド・ステーション」

COLD STATION 12

自ら育てた優生人類と再会したスン博士は、彼らが強奪したバード・オブ・プレイで、以前スン博士が働いていた医療機関コールド・ステーション・トゥウェルブへ向かう。

ゲスト：ブレント・スパイナー（「新スタートレック」）

第82話「野望の果て」

THE AUGMENTS

エンタープライズ号は優生人類たちを乗せたバード・オブ・プレイを追跡。身を隠すことを命じるスン博士に対し、優生人類のリーダー、マリックはこれに反対。ステーションから盗んできた病原菌で生物兵器を造り、クリンゴンのコロニー上空で爆発させることを提案する。

ゲスト：ブレント・スパイナー（「新スタートレック」）

第83話「狙われた地球大使館」

THE FORGE

バルカンの地球大使館が爆破され43名が犠牲となる。バルカンはアンドリア人に容疑をかけるが、リードとメイウェザーの調査の結果、残っていた爆弾からバルカンの反体制派シラナイトのトゥパウのDNAが検出される。

第84話「陰謀の嵐」

AWAKENING

トゥパウの潜伏場所を探し、シラナイトたちのいるフォージと呼ばれる砂漠に入ったアーチャーとトゥポルだったがシラナイトたちに捕らえられ、トゥパウの前に引き出される。

第85話「バルカンの夜明け」

KIR'SHARA

シランからカトラを受けトゥポルとトゥパウを伴ってキルシャラをバルカン最高司令部へと運ぶアーチャー。しかしそれを何とか阻止しようとするヴラスは、タラックを向かわせ三人を襲わせる。トゥパウの機転で何とかキルシャラを奪われずに済んだアーチャーだったが、その代わりにトゥポルが捕らえられ最高司令部へ連行されてしまう。

第86話「亜量子転送」

DAEDELUS

転送機の開発者でありアーチャーとも親しい仲のエモリー・エリクソン博士が、亜量子転送の実験のため、娘ダニカとともにエンタープライズに乗船する。トリップは憧れのエモリーと共に仕事ができると喜ぶ。しかし、エモリーたちの乗船後、兵器室に謎の空間異常が発生し、クルーのバローズが命を落としてしまう。

第87話「死の観察者」

OBSERVER EFFECT

とある星の上陸調査から戻ったトリップとホシ。帰還直前に体調が悪くなってトリップが倒れ、二人は除菌室に入る。フロックスが検査するがまったく原因が分からない。トリップとホシの命はあと数時間しかもたない。そのときエンタープライズには秘密裏に謎の異星人が乗り込んでいた。肉体を持たない異星人らしく、リードとメイウェザーに憑依している。彼らはエンタープライズに干渉せず、ただ観察しているだけだった。

第88話「バベル1号星」

BABEL ONE

アンドリア人とテラライト人が和解することに合意。仲介役に選ばれた地球人と共にバベル1号星で協議の席につくことになる。テラライトの大使団を送るよう命じられたアーチャーは、万全の体制を整え、一行を迎え入れる。その矢先アンドリアのシュランからの救難信号を受信。アンドリア側の大使をバベルに送る途中、テラライト船に襲われたらしい。

第89話「ロミュランの陰謀」

UNITED

何者かがアンドリア対テラライトの戦争を引き起こそうと企んでいることを見抜いたアーチャーは、シュランとグラル大使に同盟の話を持ちかけ、地球、バルカン、アンドリア、テラライトの４つの種族が共同で敵に立ち向かうこととなる。

第90話「氷窟の民」

THE AENAR

アンドリアとテラライトを仲たがいさせようとしている敵は、無人の襲撃船を送ってくる。その船はテレプレゼンスという技術で何光年も離れた場所から遠隔操作されていたことが分かり、襲撃船から奪ったデータで、エンタープライズは同じテレプレゼンス装置を作り、襲撃船の操縦を妨害しようとする。データに残っていた脳波から、襲撃船を操っていた者はアンドリア人に非常に近いことが判明する。

第91話「クリンゴンの苦境」

AFFLICTION

フロックスが拉致された。彼はクリンゴンのコロニーに広まっているウイルスの治療法を見つけるために、無理やりさらわれたのだった。渋々ながらも研究を始めたフロックスは恐るべき事実を発見する。

第92話「優生クリンゴン」

DIVERGENCE

フロックス救出に向かうエンタープライズだが、リードがアーチャーに隠れて様々な画策を行い、とうとう拘束室に送り込まれる。どうやらかつての上官ハリスから極秘の任務を受けているらしい。

第93話「誘惑の甘い罠星」

BOUND

エンタープライズはオリオン･シンジケートのハラッド・サーの船と遭遇、彼らとある交渉を成立させる。その成約を祝ってハラッド・サーが贈ってきたのは、オリオンの三姉妹だった。彼女たちの肌もあらわな服装に男性クルーは気もそぞろ。そのせいで仕事ぶりが乱れ支障が出始める。

第94話「暗黒の地球帝国　パート１」

IN THE MIRROR DARKLY, PART 1

鏡像の宇宙。そこではゼフレム・コクレーンがファーストコンタクトに訪れたバルカン人を撃ち殺して、地球人が支配する地球帝国が築かれ、バルカン人をはじめとする他種族は、地球人に仕える形となっていた。エンタープライズ号の副長アーチャーは、敵対種ソリア人の領域に、平行宇宙に存在する100年後の地球船が拿捕されていることを知り、現在勃発している反乱軍との内戦を終わらせるためにその船を捜索する計画を立てる。

第95話「暗黒の地球帝国　パート２」

IN THE MIRROR DARKLY, PART 2

エンタープライズ号は大破、ディファイアント号に移ったクルーたちはアーチャーの指揮の下、船を起動させようと総力を結集するが、何者かにワープ･レギュレーターを盗まれワープ航行不能に陥る。犯人はもともと船に乗り込んでいた、ソリア領に住むスラーと判明する。そのスラーとは…。

第96話「テラ・プライム　パート１」

DEMONS

エンタープライズは惑星間同盟の会議に出席するため地球へと帰還する。しかしその会場に突然、フェイズ銃で腹を撃たれた女が現れ「赤ん坊が殺される、助けてくれ」とトゥポルに謎の毛髪を残して息絶える。女は医療技術者のスーザン・コウリで、彼女の託した毛髪をフロックスが分析すると…。

第97話「テラ・プライム　パート２」

TERRA PRIME

異星人排斥を主張する集団「テラ・プライム」のリーダー、パクストンが、異星人は24時間以内に地球から出て行け、さもないと武力行使も辞さず、宇宙艦隊本部からまず破壊する、と言うのだ。火星で使われているバーテロン・アレーで攻撃するつもりらしい。エンタープライズがアレーを破壊すると火星コロニーの半分が吹き飛んでしまうため、アーチャーは小チームで潜入することに。

第98話「最後のフロンティア（最終回）」

THESE ARE THE VOYAGES…

地球で惑星間の連合憲章が調印されることとなった。その調印の任を負ったアーチャーはスピーチ原稿の作成に余念がない。ほかのクルーたちも10年ぶりの帰還を控え、めいめいがその後の人生に思いを馳せていた。そんな初代エンタープライズのクルーを見守っていたのは…。