第53話「トレリウムD」

THE XINDI

ズィンディの母星を求め未知のデルフィック領域に入り込んだエンタープライズ。ある惑星の、トレリウムDが採れる鉱山にズィンディの作業員が1名いるという怪しげな情報を手に入れたアーチャーは、困難の末ケシックというズィンディと会うことに成功するが…。

第54話「オサーリア人の襲撃」

ANOMALY

デルフィック領域に入り込んだエンタープライズの船中で異常事態が発生、クルーは復旧作業に追われる。そんな中、略奪にあったらしい異星人船を発見、警戒を強めようとした矢先、エンタープライズにも略奪者たちが侵入。なんとか略奪者の1人を拘束し、オサーリア人という種族であることが判明する。

第55話「突然変異」

EXTINCTION

オサーリア人が襲ったズィンディ船からダウンロードしたデータを解析してズィンディのたどった航路を割り出したアーチャーは、彼らが最後に訪れた惑星に向かう。しかし乗り捨てられたズィンディ船を調査していた上陸部隊のうちリード、アーチャー、ホシが突然奇妙な生命体に変異してしまう。なぜかトゥポルだけは変異せずにすんでいるのだが…。

第56話「美しき潜入者」

RAJIIN

トレリウムDの合成法を科学者から聞き出すために訪れた惑星で、ラジーンという女性がアーチャーのもとに逃げてきた。ズィンディの情報を得られると考えたアーチャーは彼女をエンタープライズに連れていく。ある晩ラジーンがアーチャーの部屋を訪ね「お礼がしたい」と言う。だが実はラジーンはアーチャーの体をスキャンしに来たのだった。

第57話「幽霊船」

IMPULSE

トレリウムDを豊富に含有する小惑星帯から、以前トゥポルが乗船していたバルカン船セレヤ号からの自動救難信号を受け取ったエンラープライズ。セリア号は荒れ果てていたもののバルカン人クルーは全員生存していた。しかし精神に異常をきたしており次々にアーチャーらに襲いかかる。

第58話「孤独な亡命者」

EXILE

トゥポルはズィンディ船のデータベースを分析、異常現象の発生する地点が、オサーリア人がアジトとして使っていた球体の放出する重力波と関係していることを突き止めるが、どうやらそこには第2の球体が存在するらしいことがわかり、早速調査へ。一方ホシの前にタークウィンと名乗るテレパシーを使う異星人が現れ、ズィンディを探す手助けをしたいと申し出てくる。

第59話「兵器工場潜入」

THE SHIPMENT

タークウィンの情報で、武器の一部を作っているズィンディのコロニーを突き止めたエンタープライズ。果たしてそこにはナマケモノ型ズィンディの工場があり、地球を攻撃した兵器に使われたキモサイトという物質が精製されていた。上陸班は工場の主任技師グレイリック・ダールを監禁するが…。

第60話「留められない記憶」

TWILIGHT

エンタープライズ号が空間のひずみに遭遇、巻き込まれたアーチャーは気を失い、再び目を覚ましたのはなんと12年後の世界だった。空間のひずみがアーチャーの頭の中に正体不明のパラサイト群を複数残し、それによって彼は記憶を短時間しか留めておけない体になってしまったと言う。

第61話「ウエスタン」

NORTH STAR

ある惑星でアーチャーらは西部劇風の町で住人に変装して上陸調査を行っていた。その星にはなぜか地球人が存在し、彼らは先住民であるスカゴラ人たちを弾圧していた。

第62話「ライサリア砂漠幼虫」

SIMILITUDE

ワープ・エンジンの改良中トリップが事故に遭って意識不明となる。脳がひどく損傷を受けており助かる見込みはない。フロックスが唯一の方法を提案した。「擬似共生物」とも呼ばれる「ライサリア砂漠幼虫」に別の種の生物のDNAを移植すると一種のクローンとなって非常に早い成長を遂げるため、そのクローンの脳細胞をトリップに移植すれば助かるというものだ。

第63話「デトロイト2004」

CARPENTER STREET

アーチャーの元にダニエルスが現れ、2004年のデトロイトで3人の爬虫類型ズィンディを感知したと伝える。ダニエルスの力によりタイム・トラベルをしたアーチャーとトゥポルはルーミスという地球人をつきとめる。彼は病院の血液バンクに勤める男で全8種類の血液型の患者を拉致してくるよう多額の報酬でズィンディに雇われていた。

第64話「選ばれし領域」

CHOSEN REALM

第3の球体を発見・調査していたエンタープライズの元に救難信号が届く。助けを求めてきたのは球体を作った「創造者」の存在を信じ球体を巡礼していたトリアノン人。デルフィック領域を「選ばれし領域」と呼ぶリーダーのディジャマットはいつかお礼がしたいと言うが、実は彼はエンタープライズを乗っ取って母星での戦争に利用しようとしていたのだ。

第65話「アンドリア人の協力」

PROVING GROUND

ズィンディ船に仕掛けた特殊なキモサイトからの信号をキャッチ。追跡のため空間異常を突っ切ろうとするがエンタープライズに異常が発生、危機一髪を救ったのはアンドリア船のシュランだった。アンドリア船とともに信号の発信源に向かうと、そこはズィンディ惑星破壊兵器の実験場であった。

第66話「策略」

STRATAGEM

ズィンディの兵器開発担当の上級士官デグラほか2名の乗る船を拿捕したアーチャー。しかし肝心の兵器に関するデータはほとんど消去されていた。そこでエンタープライズ号のクルーたちはデグラの最新の記憶を消し、異星人のシャトルを模造したシミュレーター内で彼を騙しながら兵器のありかを探り出そうとする。

第67話「新たなる脅威の兆し」

HARBINGER

エンタープライズは空間のひずみが集まった惑星でポッドを発見。開けてみると中から無数の電極につながれた異星人が現れる。調査の結果、ひずみの集合体は5つの球体の中心に位置しており、この惑星もかつては人の住む星だったがひずみに飲み込まれ現在は無人らしい。果たしてこの異星人は何者なのか…？

第68話「フロックス船長の孤独」

DOCTOR'S ORDERS

エンタープライズは超次元変動に遭遇。迂回すれば2週間もかかるが、中を通過すれば脳に損傷が出て人間は死んでしまう。しかし昏睡状態でなら影響を受けないため、デノビュラ人のフロックスがクルーを全員眠らせ空間変動を通過することになった。

第69話「トゥポルの反乱」

HATCHERY

エンタープライズはズィンディの昆虫型昆虫族船を発見。そこで発見したのは複数の成虫の死体と数十の卵を擁する孵化室だった。アーチャーは直ちに死体をエンタープライズに移し分析しようとするが、卵がアーチャーの顔に液体を噴射。その時からアーチャーが徐々に異常な行動を示し始めた。

第70話「爬虫類族の攻撃」

AZATI PRIME

エンタープライズはついにアザティ・プライムに到着。潜入調査したところ、ちょうど惑星破壊兵器が完成したところであった。至近距離に接近しないと爆破できないため誰かが自爆しなければならないという結論に達する。アーチャーは自らその任務を引き受けることを決意するが、そこにダニエルスが現れ、アーチャーに400年後の未来を見せる。

第71話「球体創造者」

DAMAGE

アーチャーが見せた証拠でデグラは球体の創造者を疑い始め、アーチャーをエンタープライズに返す。避難した彗星塵雲でエンタープライズは遭難したイリリアン船と遭遇、ワープ不能になっていたエンタープライズは協力し合えないかと救助に向かう。しかしエンタープライズに必要な物資を渡してしまうとイリリアン船は故郷に帰るのに3年もかかってしまうため、クルーの命を危険に晒せないとイリリアン船長は断り、物別れに終わる。

第72話「デグラの決断」

THE FORGOTTEN

アーチャーから異次元に住む異星人の脅威を聞かされたデグラはその真否を確かめるべくエンタープライズと合流する。アーチャーは毛長族ズィンディと共にデグラをエンタープライズに招き証拠の数々を提示、異星人を倒すため同盟を結ぶべきだと説得する。

第73話「エンタープライズ2」

E

デグラと合流するために亜空間トンネルへと向かうエンタープライズ。しかし、亜空間トンネルのある星雲内には、侵入者をことごとく攻撃するカバーラ船が待ち受けている。何とか攻撃を逃れる作戦を立て通路に入ろうとしたとき、もう一隻のエンタープライズが現れ船を反転させるよう警告した。

第74話「評議会の分裂」

THE COUNCIL

アーチャーはデグラと共にズィンディ評議会員らを説得に向かう。しかし球体創造者は過去にズィンディの母星が爆発したとき彼らの絶滅の危機を救っており、ズィンディは「守護者」

としてあがめている。それを覆さなければ成らないのだ。

第75話「地球攻撃10時間前」

COUNTDOWN

爬虫類族は、兵器を発射させるのに必要な水生族のコードを解読させるためホシを拉致した。ヘイズ少佐率いる軍事部隊が救助に向かう。一方切羽詰ったアーチャーは、ヒト族や毛長族に頼み、水生族に直談判して援助を請う。

第76話「最終決戦」

ZERO HOUR

デグラの残した兵器の構造図データを開こうとするが、データは暗号化されていて解読できない。アーチャーはやむなく不調のホシに暗号の解読を命じる。一方球体を無力化しに向かっていたエンタープライズは今まで以上の空間の歪みに遭遇、そのまま侵入すればクルーは全滅してしまう。