第27話「暗黒からの衝撃波 パート2（第2シーズンスタート）」

Shockwave,Part2

時間の流れを守るために船長を31世紀の未来に連れ去った未来人ダニエルスだったが、結果、自分の世界の破滅を導いてしまった。その時点で船長が消えたことで歴史が塗り変わったのだ。

第28話「スプートニクの飛んだ夜に」

Carbon Creek

トゥポルのエンタープライズでの勤務一周年記念。アーチャーはトゥポルとトリップを招きワインを交わした。トゥポルが休暇中に行ったある行動に好奇心をかきたてられていたアーチャーが本人にそのことを聞いてみると…。

第29話「許されざる越境」

Minefield

エンタープライズのクルーが惑星に上陸する準備にかかったその時、船で爆発が起きた。爆発の原因は遮蔽された宇宙機雷であり、周囲は機雷原であることに気づくエンタープライズ。その機雷を敷設していたのは…。

第30話「謎の自律浮遊基地」

Dead Stop

船体に深刻なダメージを受けたエンタープライズ号では不眠不休の修理が続いたが思うようにはかどらず、ついに救難信号を発信。応答してきたのはテラライトの貨物船だった。通信は途中で途絶えたものの、エンタープライズはテラライトの“修理基地”へ向かう。

第31話「小さな生命の灯」

A Night in Sickbay

クリタサン人に性能のいい噴射装置を譲ってくれるよう頼むべく彼らの星に上陸したエンタープライズ号のクルーだったが、何かで彼らを怒らせたらしく船へ帰れと言われる。一方的な言い分にアーチャーはカンカンだが、一緒に連れて行ったポートスが病気になってしまう。

第32話「招かれざる訪問者」

Marauders

船体破損で燃料の備蓄が乏しくなったため、エンタープライズのクルーは価値ある資源デューテリアムの産出基地があるコロニーに上陸する。しかしデューテリアムを有するこの惑星では人々が豊かさを享受しているはずなのに、なぜか質素な暮らしを強いられているようだ。アーチャーの疑問はまもなくその理由が明らかにされた。

第33話「封印された記憶」

The Seventh

トゥポルにバルカンから極秘任務が命ぜられた。その任務とは、ある惑星に潜入捜査に出向いたまま帰還を拒み逃走したバルカン人エージェント、メノスの逮捕である。

第34話「危険なコンタクト」

The Communicator

アーチャーらはワープ以前の文化をもつある惑星の探険を終え、エンタープライズに戻るが、リードが通信機をなくしたことに気づく。装置を残したままではその惑星の文化を汚染する危険があり、技術の回収は重要だ。、アーチャーとリードは通信機を取り戻すべく惑星に戻るが、兵士に捕らえられ、軍事施設に拘束されてしまう。

第35話「三重星系の誘惑」

Singularity

ブラックホールを含む三重星系を見つけ、調査に向かうエンタープライズ。しかし星系へコース変更した直後からクルーたちが、奇妙な行動を取るようになった。

第36話「転送空間の恐怖」

Vanishing Point

とある星にトリップとホシが転送降下し遺跡を調べていた。そこに突然反磁気嵐が発生したため、トリップとホシは急遽エンタープライズに戻ることに。嵐のせいでシャトルはつかえず転送で戻ることになったが、二人とも転送の経験がなく、特にホシは分子になって消えてしまうのでは、と怖がる。

第37話「眠る女の謎」

Precious Cargo

エンタープライズはテレリアン貨物船の救難信号に応答する。貨物船の操縦士は客が乗った抑制ポッドが故障したと言う。早速修理を開始したトリップは、抑制ポッドの中で仮死状態で眠りつづける美女に目をうばわれる。

第38話「嵐を告げる男達」

The Catwalk

ある日突然エイリアン船が接近して緊急乗船を認めてくれと言う。中性子嵐が迫っているというのだ。そのエイリアン３人を収容したものの、エンタープライズの速度ではどうしても嵐に追いつかれてしまう。中性子嵐には放射能が満ちており、船体は無事でもクルーは死んでしまうのだ。

第39話「熱き夜明け」

Dawn

自ら改造した自動操縦装置を試すためシャトルで航行していたトリップは、突然謎の小型船の襲撃を受け、近くの月に不時着する。実はそこはアーコニアンの領域であり、トリップを襲った小型船はアーコニアンの偵察船だった。

第40話「消せない汚名」

Stigma

トゥポルは以前感情の実験をしているバルカン人に襲われ精神融合を受けたが、そのせいでパナー症候群に感染していた。バルカンでは不治の病とされておりトゥポルの病状も悪化しているため、フロックスは医療評議会でバルカン人医師団に接触する。

第41話「戦場の絆」

Cease Fire

ある日フォレスト提督からアーチャーに通信が入る。意外なことにソヴァル大使がアーチャーに頼みがあるというのだ。バルカン人が人間に頼み事をするなど前代未聞だというフォレスト提督の言葉に従い、要請を受けることにするアーチャー。

第42話「沈黙の漂流船」

Future Tense

エンタープライズは未知の小型漂流船と出会う。収容し開けてみると、中からは黒こげの遺体。しかも人間と判明する。エンタープライズ以外にこんな深宇宙に到達していた人間がいたのか？すると突然スリバン船が現れ、船をよこせと要求し攻撃を仕掛けてきた。

第43話「地獄への護送船」

Canamar

ファースト・コンタクト任務を無事に終え、ケト・イノール星を発ったアーチャーとトリップの音信が突然途絶える。二人はケト・イノールで密輸犯として誤認逮捕されていたのだ。

第44話「光の意志」

The Crossing

エンタープライズは巨大異星船に船ごと飲み込まれてしまう。シャトルで船外に出たアーチャーらは乱舞する光と遭遇。生体反応はないもののまるで生き物だった。

第45話「反逆の法廷」

Judgment

アーチャーがクリンゴンの法廷に連れ出された。クリンゴン領域の植民地ラトゥラスから逃亡した「反逆者」の船を助けたため、反逆罪で起訴されたのだ。アーチャーの弁護には代弁人コロスが付くが全く弁護する気がない。

第46話「兄弟の地平」

Horizon

ある日エンタープライズに訃報が入る。メイウェザーの父親が亡くなったというのだ。エンタープライズとコースが接近するホライゾン号に、メイウェザーが数日の休暇を取って帰ろうとしていた矢先だった。

第47話「理由なき憎しみ」

The Breach

ある輸送船で事故が発生、エンタープライズは怪我人を収容するが、医務室に運ばれてきた怪我人を見てなぜか憮然とするフロックス。その怪我人はデノビュラ人を憎むアンタラン人だったのだ。

第48話「第3の性」

Cogenitor

人間より遥かに技術が進んでおり、友好的なヴィシア人に出会ったエンタープライズ。生産的なファースト・コンタクトにしたいとアーチャーは張り切る。ヴィシア人と交流を図るエンタープライズのクルーは、彼らに性別が３つあることに気づく。

第49話「覚醒する恐怖」

Regeneration

地球の北極で冷凍されたボーグが2体見つかった。調査隊員は彼らの正体を知る由もなく、全員ボーグに同化されてしまう。ボーグは調査隊の輸送船を改造し地球の軌道を離脱。彼らが向かった方向の近くをエンタープライズが航行中だったため、アーチャーはフォレスト提督から輸送船の捜索を命じられる。

第50話「運命の飛行」

First Flight

暗黒物質星雲らしき現象を感知したアーチャーは調査に向かおうとするが、そのとき旧友AGロビンソンの訃報が入る。ショックを受けたまま単独で星雲調査に向かおうとするアーチャーを見てトゥポルは強引にシャトルに乗り込む。アーチャーはシャトルでAGとのいきさつをトゥポルに語り始めた。

第51話「狙われた首」

Bounty

元は貨物船の船長だったが気の緩みからクリンゴンの領域を通ってしまったことが原因でクリンゴンに船を取り上げられ、逃亡犯を追う賞金稼ぎに成り下がったテラライト人スカラー。彼はアーチャーを捕らえるべくエンタープライズ号に現れた。

第52話「帰還なき旅」

（第2シーズン最終回）The Expanse

地球が謎の探査機から激しい攻撃を受け、エンタープライズに帰還命令が下る。帰還途中、アーチャーはスリバン船に拉致され、ヒューマノイドから地球を攻撃したのはズィンディという種だと知らされる。