第1話＆第2話「夢への旅立ち　パート1＆2」

　Broken Bow Part1＆2

22世紀地球。スリバン人に追跡されて地球に逃げてきたクリンゴン人が、地球人の農夫に撃たれて重傷を負ってしまう！クリンゴン人を母星に送り届けるため、エンタープライズは宇宙へ旅立つ！

第3話「死のファースト・コンタクト」

　Fight or Flight

深宇宙探査に出て2週間のエンタープライズ。唯一の「ファースト・コンタクト」はとある星のナメクジ状の生物だけ。うずうずし始めたクルーたちの前に難破船らしき物体が現れ…。

第4話「風が呼んだエイリアン」

　Strange New World

宇宙に出て6週目のエンタープライズが地球に似た惑星を発見。トゥポル副長は、軌道上からの調査を勧めるが、興奮を隠し切れないアーチャー船長は調査班を編成して自ら上陸することに。

第5話「予期せぬ侵入者」

Unexpected

エンタープライズ号のシステムが不調になり、アーチャーはその原因となっていた異星人ジリリアンの船に協力を申し出、修理のためトリップを送り込む。船は無事正常に戻ったが、その後トリップの体が変調をきたし…。

第6話「植民星テラ・ノヴァの謎」

Terra Nova

エンタープライズは、70年以上前から音信不通になっていた植民星テラ・ノヴァへ向かう。メイウェザーは子供の頃からテラ・ノヴァに興味を持っており、その謎がいよいよ解けるかもしれないと興奮している。

第7話「汚された聖地」

The　Andorian Incident

バルカン人の聖地プジェムに立ち寄ったエンタープライズ一行だが、そこにはバルカン人と長年敵対関係にあるアンドリア人が乗り込んでいたのだ。彼らは神殿がバルカンの監視基地だと言い張り長距離センサー・アレイを差し出せと言う。

第8話「彗星は去り行くとも」

Breaking the Ice

アーチャーらは過去発見されたうちで最大級の彗星を発見し調査するが、そこにあらわれたバルカン船が「彗星に興味を持つ人間」を観察したいと申し入れる。しぶしぶ受け入れるがこの船からトゥポル宛てに暗号文が送られていることが分かり…。

第9話「狙われた星アカーリ」

Civilization

エンタープライズはMクラスの星アカーリを発見。産業化前の社会らしく、トゥポルは上陸を反対するが、興奮したアーチャーは現地人らしく変装をしていけば分からないと、上陸を決定する。

第10話「復讐の連鎖」

Fortunate Son

貨物船フォーチュネイト号の救助を依頼されたアーチャーだったが、いざフォーチュネイト号に乗り込むと船長のライアンはノーシカン人に襲われたものの自分達で追い払ったので帰ってほしいと言う。アーチャーは意外な言葉にとまどうが…。

第11話「時を見つめる男」

Cold Front

スリバン人シリックは任務に失敗。指令者から弱体化を余儀なくされ次の任務の成功を約束する。一方アーチャーは輸送船から巡礼者一行を船内に招待していた。

第12話「言葉なき遭遇」

Silent Enemy

エンタープライズの前に、トゥポルも知らない新種のエイリアン船が現れる。アーチャーは嬉々としてよびかけるが、相手は何も言わないまま姿を消してしまう。その後エイリアン船が再び出現。今度は一方的に攻撃を仕掛けまた姿を消してしまう。

第13話「遥かなる友へ」

Dear Doctor

ドクター・フロックスは地球人のドクター・ルーカスに宛てて、エンタープライズ号での暮らしぶりや悩みを語る。フロックスは最近親しくなった女性クルー、カトラーとの関係で思い悩んでいた。

第14話「名誉に生きる者」

Sleeping Dog

難破船を発見したエンタープライズ。トゥポル、リード、ホシが調査班として乗り込む。船内の文字から判断しクリンゴン船と分かるが生体反応があるのは9名だけ。トゥポルの主張に反し、救助を試みるクルーたちだが…。

第15話「恩讐を越えて」

Shadows of P’Jem

第7話で登場したバルカン人の聖地プジェムがアンドリア人に破壊されたとの報がアーチャーの元に入る。バルカン最高司令部はアーチャーをそこに案内したトゥポルに全ての責任があると判断し、エンタープライズでの職を解くことを決定した。

第16話「引き裂かれたクルー」

Shuttle pod One

シャトルポッドで任務に出ていたトリップとマルコムだが、エンタープライズとのランデブー地点の小惑星帯に戻るとエンタープライズの姿がない。そして彼らはとある小惑星上で「−01」というマークのついた宇宙船の残骸を見つける。

第17話「果てなき心の旅」

Fusion

バルカンの民間船から修理の手助けを依頼されたエンタープライズ。乗員たちは意外にも付き合いやすくすぐにみなと打ち解けたがトゥポルだけは嫌悪感を募らせる。彼らは感情を排除せず論理と両立させ生きていくという考えの持ち主だったのだ。

第18話「幻を狩る惑星」

Rogue Planet

エンタープライズは軌道を外れたはぐれ惑星ダカラを発見。ダカラではエスカ人達が自由に狩りを行っていた。アーチャーらは惑星を探険するため彼らと同じキャンプサイトに滞在させてもらう。

第19話「獲物たちの罠」

Acquisition

トリップが衛星探査から持ち帰った遺物をあけた途端、ガスが噴出しエンタープライズのクルー全員が眠ってしまった。そして地球人とは初遭遇のフェレンギ人が乗り込んでくる。遺物はフェレンギの仕掛けた罠だったのだ。

第20話「閉ざされたオアシス」

Oasis

アーチャーは商人ドゥマールから近くの無人惑星に不時着した遺棄船があることをきく。その船には役に立つ資源が豊富にあるらしいのだが、彼の話によれば船には生体反応がないにもかかわらず、複数のクルーがいるというのだ。

第21話「テンダーの虜囚」

Detained

アーチャーとメイウェザーはとある収容所で意識を回復した。テンダラン人の軍事領域内に侵入したシャトルが攻撃され、捕われの身となってしまったのだ。審理がすむまで収容所に拘束されることになった二人はそこでスリバン人を発見する。

第22話「漂流生命体の叫び」

Vox Sola

クリサタン人とのファーストコンタクトを果たしたエンタープライズだったが、彼らは何かに機嫌を損ね、去ってしまう。その直後未知のエイリアンがエンタープライズの貨物室に侵入。巨大な蜘蛛の巣のような生命体で、船長、トリップを含め5名のクルーを捕らえてしまった。

第23話「追放された者への祈り」

Fallen Hero

アーチャーは、マザールに駐在するバルカン大使ヴラーをバルカン船まで送る任務をうける。ヴラーは大使という要職に就いているにも関わらず職権乱用という罪を犯し、マザールを追放されたというのだ。彼女を心の師と仰ぐトゥポルは落胆を隠せない。

第24話「幻影の戦士」

Desert Crossing

故障船を修理したエンタープライズ号。アーチャーとトリップはゾブラルからお礼として砂漠の星に招かれる。その間エンタープライズにトロサン人総裁から連絡が入り、トゥポルはゾブラルがテロリストであると警告される。彼女は至急船に戻るよう船長に連絡するが…。

第25話「楽園での出来事」

Two Days and Two Nights

エンタープライズのクルーにとって待ちに待ったライサでの休暇が訪れた。たった二日間ではあるが、それぞれに予定を立て、意気揚揚とライサへ向かうクルーたち。しかしそこに各人にとって悲喜こもごもの二日間が待っていた。

第26話「暗黒からの衝撃波」

Shockwave（第1シーズン最終回）

エンタープライズのクルー一行がパラーガン人のコロニーに立ち寄るべくシャトルで惑星に接近中、大気圏で爆発が発生、3600名の命が失われた。この失敗で、宇宙艦隊はバルカンに深宇宙探査再開まで10年はかかると迫られ、アーチャーは提督から探査の中断を通告される。

第2シーズン第27話に続きます…。