ボスでもない、パパでもない。壊れかけた男、トニー。魂を取り戻せるのか。

＜シーズン1＞

組織の大ボス、ジャッキーが病死し、新たに大ボスに君臨したアンクル・ジュニアは、それまでの組織の慣行を無視してやりたい放題。実質的なボスであるトニーはその後始末に四苦八苦し、2人の仲は険悪に。また母リヴィアはトニーが自分を無理やり施設に入れたことを恨み、彼が精神科医にかかっていることにも嫌悪感をおぼえて、アンクル・ジュニアと結託しトニーの暗殺を計画する。しかしこの計画は失敗、アンクル・ジュニアはFBIに捕らえられ、リヴィアはトニーにより施設に送られることに…。

＜シーズン2＞

ニュージャージーの組織を束ねるボスに昇格したトニー。そこへFBIのスパイだと一度は疑いをかけその後行方不明になっていたビッグプッシーが突然姿を現すが、どうも様子がおかしい。また、シアトルから訪ねてきたトニーの姉パルバティとその恋人リッチーが、様々な問題を巻き起こし、クリスはあるきっかけから映画界に興味を持ってトニーの許しを得ずに勝手を始める。アンクル・ジュニアは仮釈放されるが、お風呂で足を滑らせて怪我をする始末でトニーが引き取ることとなってしまう。昇格したはずなのにストレスが一向に減らないどころかむしろ増大してきたトニーだったが、頼みの綱のドクター・メルフィはトニーの診察にストレスを感じ、自分が別の精神科医に診てもらうように。そしてついにファミリーの一員が銃撃され…。

＜シーズン3＞

スパイだったビッグプッシーが消されたことにより情報収集の手段を失ったFBIは、トニーの家に盗聴器をしかけることに。大学進学して現在は寮生活の娘メドウが恋人を連れ帰ってきたことが新たなトニーの悩みの種となり、息子アンソニーが自分と同じパニック障害であることも分かる。そんな時、ニューヨーク・ファミリーのジョニー・サックがニュージャージーに越してきた。仕事に首を突っ込む気はないと言うが、果たして本当なのか…。